Studiare
In questa sezione è possibile reperire le informazioni riguardanti l'organizzazione pratica del corso, lo svolgimento delle attività didattiche, le opportunità formative e i contatti utili durante tutto il percorso di studi, fino al conseguimento del titolo finale.
Calendario accademico
Il calendario accademico riporta le scadenze, gli adempimenti e i periodi rilevanti per la componente studentesca, personale docente e personale dell'Università. Sono inoltre indicate le festività e le chiusure ufficiali dell'Ateneo.
L’anno accademico inizia il 1° ottobre e termina il 30 settembre dell'anno successivo.
Calendario didattico
Il calendario didattico indica i periodi di svolgimento delle attività formative, di sessioni d'esami, di laurea e di chiusura per le festività.
| Periodo | Dal | Al |
|---|---|---|
| 1 SEMESTRE LM-6 | 20-nov-2023 | 23-feb-2024 |
| 2 SEMESTRE LM-6 | 2-apr-2024 | 21-giu-2024 |
| Sessione | Dal | Al |
|---|---|---|
| 1° semestre LM-6 | 26-feb-2024 | 29-mar-2024 |
| 2° semestre LM-6 | 23-giu-2024 | 31-lug-2024 |
| Sessione Autunnale LM-6 | 2-set-2024 | 27-set-2024 |
| Periodo | Dal | Al |
|---|---|---|
| Festa di Ognissanti | 1-nov-2023 | 1-nov-2023 |
| Festa dell'Immacolata | 8-dic-2023 | 8-dic-2023 |
Calendario esami
Per consultazione e iscrizione agli appelli d'esame visita il sistema ESSE3. Per problemi inerenti allo smarrimento della password di accesso ai servizi on-line si prega di rivolgersi al supporto informatico della Scuola o al servizio recupero credenziali
Per dubbi o domande leggi le risposte alle domande più frequenti F.A.Q. Iscrizione Esami
Docenti
giuseppe.bertini@univr.it
045-802-7682
Piano Didattico
Il piano didattico è l'elenco degli insegnamenti e delle altre attività formative che devono essere sostenute nel corso della propria carriera universitaria.
Selezionare il piano didattico in base all'anno accademico di iscrizione.
1° Anno
| Insegnamenti | Crediti | TAF | SSD |
|---|
2° Anno Sarà attivato nell'A.A. 2024/2025
| Insegnamenti | Crediti | TAF | SSD |
|---|
1 module among the following1 module between the following| Insegnamenti | Crediti | TAF | SSD |
|---|
| Insegnamenti | Crediti | TAF | SSD |
|---|
1 module among the following1 module between the followingLegenda | Tipo Attività Formativa (TAF)
TAF (Tipologia Attività Formativa) Tutti gli insegnamenti e le attività sono classificate in diversi tipi di attività formativa, indicati da una lettera.
Biological macromolecules, interactions and networks (2023/2024)
Codice insegnamento
4S011585
Crediti
9
Lingua di erogazione
Inglese
Settore Scientifico Disciplinare (SSD)
BIO/10 - BIOCHIMICA
Corsi Singoli
Non Autorizzato
L'insegnamento è organizzato come segue:
Teoria
Laboratorio 2 [TURNO 1]
Laboratorio 2 [TURNO 2]
Laboratorio 1 [TURNO 1]
Laboratorio 1 [TURNO 2]
Obiettivi di apprendimento
Il corso si prefigge di favorire la comprensione del funzionamento al livello di sistema delle reti biomolecolari complesse preposte a specifiche funzioni biologiche (trasduzione del segnale, metabolismo, regolazione dell’espressione genica) partendo dai componenti biomolecolari di base. Lo studente, con l’aiuto della visualizzazione al computer, analizzerà il rapporto struttura/funzione per le principali classi di macromolecole biologiche (proteine, acidi nucleici, carboidrati, lipidi) e sarà in grado di prevederne e studiarne l’interazione in un contesto fisiologico e patologico. L’integrazione di analisi di tipo teorico-computazionale con esercitazioni di laboratorio volte allo studio delle interazioni biomolecolari e la formazione di complessi supramolecolari, permetterà allo studente di sviluppare capacità di analisi di tipo “bottom-up”, che sarà in grado di applicare efficacemente a specifiche problematiche di biomedicina. L’insegnamento prevede l’integrazione di lezioni di teoria, esercitazioni di laboratorio e lavoro a gruppi. Viene inoltre proposta l’analisi di articoli scientifici inerenti alle tematiche trattate nel corso.
Al termine del corso lo studente avrà acquisito:
a) conoscenza approfondita delle macromolecole biologiche e dei loro assemblati funzionali e patologici;
b) conoscenza esaustiva delle metodologie di analisi teorica e sperimentale delle macromolecole e dei complessi supramolecolari, comprendenti tecniche biochimiche e biofisiche;
c) capacità di applicare le conoscenze acquisite per l’analisi di reti biomolecolari in un contesto fisiologico e patologico secondo un approccio di indagine multiscala;
d) capacità di analizzare le proprietà emergenti al livello di sistema di specifiche reti biomolecolari;
e) capacità di lavorare in squadra, di interpretare i risultati delle analisi sperimentali e di comunicarle secondo i canoni della comunità scientifica.
Prerequisiti e nozioni di base
Conoscenze di base di chimica generale e organica, di fisica e dio biochimica.
Programma
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UL: Teoria
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Il corso si basa su cinque moduli principali e sessioni pratiche che saranno in parte gestite utilizzando la flipped classroom e il team-based learning.
Parte teorica (42 ore):
1) Biologia strutturale delle macromolecole e dei complessi macromolecolari
• Perché la biologia strutturale? L'organizzazione della vita a livello molecolare
• Fondamenti della struttura delle proteine: interazioni chimiche e fisiche che stabilizzano la struttura delle proteine; ripiegamento, fold e funzione delle proteine; proteine solubili vs. proteine di membrana; proteine completamente ripiegate e intrinsecamente disordinate; assemblaggi oligomerici proteina-proteina; enzimi, co-enzimi e ioni metallici; mutazioni puntiformi associate a malattie che influenzano la struttura/funzione e le interazioni delle proteine;
• Fondamenti della struttura degli acidi nucleici: Struttura secondaria del DNA e deviazione dall'idealità; differenze strutturali e funzionali tra DNA e RNA; struttura terziaria dell'RNA;
• Fondamenti di lipidi e struttura delle membrane: classi di lipidi e fasi cristalline liquide; curvatura delle membrane; cambiamenti nella composizione delle membrane; fusione e fissione delle membrane; domini BAR e curvatura delle membrane; liposomi, nanovescicole e nanodischi;
• Esempi di complessi macromolecolari funzionali: fattori di trascrizione gene-specifici: motivi strutturali (leucine zipper, zinc finger, p21Ras, specificità di legame); complessi macromolecolari coinvolti nella trasduzione del segnale; complessi macromolecolari nei virus.
Approfondimento bioinformatico: strumenti informatici per la biologia strutturale: Protein Data Bank; UniProt; grafica molecolare e visualizzazione: PyMol
2) Interazione tra luce e macromolecole per lo studio delle proprietà strutturali, funzionali e dinamiche
• Fondamenti di spettroscopia di assorbimento ed emissione; fluorescenza intrinseca; trasferimento di energia basato sulla fluorescenza (FRET;); dicroismo circolare; tecniche di light-scattering e di diffusione per lo studio di proprietà idrodinamiche.
3) Processi di legame che coinvolgono le macromolecole
• Sintesi della termodinamica e degli equilibri chimici; lo stato standard "biochimico"; cenni ai modelli teorici che descrivono il legame dei ligandi alle macromolecole;
• Cinetica dei sistemi biochimici; processi di associazione e dissociazione; fattori che influenzano le interazioni proteina-proteina;
• Tecniche sperimentali per lo studio dei legami biochimici: calorimetria a titolazione isotermica; calorimetria a scansione differenziale; risonanza plasmonica di superficie e tecnologie ottiche simili di biosensing; spettrometria di massa.
4) Tecniche ad alta risoluzione per risolvere la struttura delle macromolecole e dei loro complessi
• Elementi di cristallografia a raggi X, spettroscopia di risonanza magnetica nucleare allo stato liquido; la rivoluzione della microscopia elettronica criogenica.
5) Dalle singole molecole alle reti biologiche
• Il paradigma della biologia dei sistemi: perché è necessario; modellazione top-down vs. bottom-up. Proprietà emergenti.
Modellazione matematica delle reti biomolecolari: implementazione di modelli statici e dinamici di reti biomolecolari. Processi deterministici e stocastici in biologia. Analisi standard dei modelli di sistemi biologici.
• Esempi di reti biologiche e loro alterazione nelle malattie: modellazione dell'espressione genica, sistemi metabolici e sistemi di trasduzione del segnale.
Approfondimento computazionale: strumenti informatici per l'implementazione di modelli statici e dinamici in biologia dei sistemi; esempi di implementazione di modelli statici; simulazione di un modello dinamico di complessità crescente. Implementazione di un modello computazionale di segnalazione e ciclo delle proteine G (gruppo di lavoro).
Per ogni argomento verranno effettuati e discussi confronti tra condizioni fisiologiche e patologiche.
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UL: Laboratorio
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Gli studenti saranno divisi in gruppi. Utilizzando una metodologia di flipped-classroom, ogni gruppo eseguirà 3-4 diversi esperimenti che saranno poi presentati agli altri gruppi. Ogni gruppo parteciperà attivamente alla discussione e alla valutazione delle prestazioni degli altri gruppi.
I temi degli esperimenti riguarderanno i seguenti ambiti:
- Condensazione del DNA: studio delle interazioni DNA-proteine (tecniche: CD e DLS)
- Struttura/funzione macromolecolare
• mCardinal: una proteina intrinsecamente fluorescente (struttura della proteina; denaturazione chimica: tecniche: CD e spettroscopia di fluorescenza)
• struttura/funzione di una proteina sensore di calcio: recoverina miristoilata e non miristoilata (tecniche: CD e spettroscopia di fluorescenza).
- Interazione proteina-lipide
• interazione di recoverina miristoilata/non miristoilata con un liposoma che imita una membrana biologica
- Interazione proteina-ligando
• mutanti di calmodulina e aritmie: il ruolo del calcio (tecniche: DSC e ITC)
• mutanti di calmodulina e aritmie: interazione con il recettore della rianodina (tecniche: DSC e ITC)
- Risonanza magnetica nucleare (NMR) per indagini ad alta risoluzione
• mutanti di calmodulina e aritmie: interazioni proteina-ligando (esperimenti 1H e HSQC)
Bibliografia
Modalità didattiche
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UL: Teoria/Laboratorio
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Lezioni frontali, flipped classroom, team-based learning.
Modalità di verifica dell'apprendimento
L’esame è composto da tre parti distinte:
1) una prova scritta, con domande aperte, sugli argomenti trattati durante le lezioni teoriche e sulle basi delle tecniche sperimentali e computazionali utilizzate nelle esercitazioni;
2) una relazione individuale su una delle prove sperimentali effettuate in laboratorio;
3) esposizione a gruppi di un articolo scientifico su una tematica inerente all’insegnamento, con particolare riferimento alle tecniche di indagine utilizzate.
La modalità di esame è la stessa per i non frequentanti e per gli studenti Erasmus.
Criteri di valutazione
Per superare l’esame lo studente deve dimostrare di avere raggiunto interamente gli obiettivi formativi preposti. Il voto complessivo, in trentesimi, è la somma pesata della valutazione ottenuta nelle tre parti (due terzi, un terzo, un terzo, rispettivamente). Per le tre prove verranno specificamente valutate:
1) l’approfondimento della conoscenza specifica; la capacità di effettuare collegamenti e dedurre informazioni di rilevanza biomedica; la proprietà di linguaggio scientifico;
2) l’accuratezza di descrizione dell’esperimento e la capacità di giudizio critico nell’analisi di un risultato scientifico;
3) la capacità di organizzare il lavoro in squadra, l’approfondimento della tematica e di ragionamento critico e la capacità comunicativa.
Criteri di composizione del voto finale
Media pesata delle valutazioni ottenute nelle prove descritte sopra.
Lingua dell'esame
English
Tipologia di Attività formativa D e F
Insegnamenti non ancora inseriti
Prospettive
Avvisi degli insegnamenti e del corso di studio
Per la comunità studentesca
Se sei già iscritta/o a un corso di studio, puoi consultare tutti gli avvisi relativi al tuo corso di studi nella tua area riservata MyUnivr.
In questo portale potrai visualizzare informazioni, risorse e servizi utili che riguardano la tua carriera universitaria (libretto online, gestione della carriera Esse3, corsi e-learning, email istituzionale, modulistica di segreteria, procedure amministrative, ecc.).
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Area riservata studenti
Prova Finale
Per essere ammessi alla prova finale occorre avere conseguito tutti i crediti nelle attività formative previste dal piano degli studi, compresi quelli relativi all’attività di tirocinio. Alla preparazione della tesi sono assegnati 8 CFU.
La prova finale si compone della redazione e dissertazione di un elaborato di tesi sperimentale in lingua inglese. Per il lavoro di tesi lo studente avrà la supervisione di un docente dell’Ateneo di Verona, detto Relatore, ed eventuali correlatori in possesso almeno della laurea triennale anche se esterni al Corso di Laurea. Scopo della tesi è quello di impegnare lo studente in un lavoro di formalizzazione, progettazione e di ricerca, che contribuisca sostanzialmente al completamento della sua formazione professionale e scientifica. Il contenuto della tesi deve essere inerente a tematiche o discipline strettamente correlate al profilo professionale. Si ricorda che presentare tesi copiate o procurate da altri costituisce reato. (Legge 475/1925 tutt’oggi in vigore).
Valutazione della tesi
La valutazione della tesi sarà basata sui seguenti criteri: livello di approfondimento del lavoro svolto; contributo critico del laureando; accuratezza della metodologia adottata per lo sviluppo della tematica.
Punteggio finale
Il punteggio finale di Laurea è espresso in cento decimi ed è così formato:
• Media ponderata rapportata a 110 dei voti conseguiti negli 11 esami curriculari (arrotondata per eccesso o per difetto al numero intero più vicino);
• Discussione della Tesi: da 0 fino ad un massimo di 10 punti. La commissione di Laurea potrà attribuire ulteriori punti anche in base a: • Presenza di eventuali lodi ottenute negli esami sostenuti: fino ad 1 punto aggiuntivo; • Partecipazione ai programmi Erasmus: fino a 2 punti aggiuntivi; • Laurea entro i termini della durata normale del corso: 1 punto aggiuntivo. La lode può venire attribuita con parere unanime della Commissione ai candidati che conseguano un punteggio finale maggiore o uguale a centodieci.
Orario lezioni
In questa sezione è possibile visualizzare il file contenente l'orario delle lezioni.
Nel file è indicata anche l'aula di svolgimento delle stesse.
Il file viene aggiornato regolarmente; è possibile verificare la versione (o la data di ultimo aggiornamento) nell'apposita cella del file, in alto a sinistra.
Eventuali variazioni dell'ultimo minuto verranno comunicate dal Docente alla mail di classe il prima possibile.
In this section you can find the file containing the lesson timetable. The file also indicates the classroom where they are held. The file is updated regularly; you can check the version (or the date of last update) in the appropriate cell of the file, at the top left. Any last minute changes will be communicated by the Professor to the class email as soon as possible.
Documenti
| Titolo | Info File |
|---|---|
Orario primo anno
|
pdf, it, 182 KB, 19/04/24 |
Appelli d'esame
In questa sezione è possibile visualizzare il file contenente il calendario degli appelli d'esame.
Il file viene aggiornato regolarmente; è possibile verificare la versione (o la data di ultimo aggiornamento) nell'apposita cella del file, in alto a sinistra.
Eventuali variazioni dell'ultimo minuto verranno comunicate dal Docente alla mail di classe il prima possibile.
In this section you can find the file containing the exam calendar. The file is updated regularly; you can check the version (or the date of last update) in the appropriate cell of the file, at the top left. Any last minute changes will be communicated by the Professor to the class email as soon as possible.
Documenti
| Titolo | Info File |
|---|---|
|
2023-24 ESAMI 1A 1S_LM6
|
pdf, it, 128 KB, 28/02/24 |
Compilazione piani di studio
Le attività a scelta dello studente (12 CFU, ambito D) comprendono insegnamenti impartiti presso l’Università di Verona.
Per la coorte 2023/2024, la compilazione del piano didattico potrà avvenire a valere dal secondo anno di corso.
ELENCO ATTIVITÀ AL 2° ANNO A.A. 2024/2025:
Oltre alle attività precedentemente citate, potranno essere selezionate quelle già previste nei gruppi di scelta al 2° anno, in modo da consentire agli studenti di sostenere in TAF D quelli non scelti in altri TAF.
Potranno essere aggiunte, inoltre, nel corso dell’anno eventuali seminari/attività varie/convegni previo accreditamento.
Il riconoscimento di tali CFU dovrà essere valutato dalla Commissione Didattica sulla base della coerenza delle attività scelte rispetto al percorso formativo del corso di studio. I crediti a scelta non sono vincolati, ma, in sede di valutazione finale, si tiene conto della coerenza e dell’adeguatezza delle scelte effettuate dallo studente nel quadro formativo complessivo. Pertanto è raccomandato di non scegliere attività che possano in gran parte risultare simili ad insegnamenti già presenti nel piano didattico del CL in SNSA, bensì di scegliere attività che apportino un reale arricchimento del percorso formativo.
Attività tipo F / D
La Commissione Didattica organizza l'offerta di alcune attività didattiche opzionali di tipo (D) realizzabili con:
• Seminari
• Insegnamenti offerti in altri Corsi di Studio
• Convegni e workshop
I seminari sono un’attività didattica che si propone di affrontare una tematica con un approccio interdisciplinare ed è svolta di norma in compresenza da più docenti, anche di SSD diversi.
Gli studenti scelgono di partecipare a convegni e/o seminari non organizzati dal CdL, liberamente purché attinenti al profilo professionale al fine di maturare i CFU richiesti dal piano di studi.
Il calendario e l’elenco delle attività didattiche elettive sono pubblicati nella sezione avvisi del sito internet del CdL.
Per quanto riguarda il riconoscimento di crediti relativi alle TAF di tipo D, la Commissione Didattica applica la seguente regola generale di conversione:
0.25 CFU per ogni ora di seminario o attività didattica frontale che non prevede esame.
La Commissione valuterà caso per caso la conversione dei CFU relativi ad insegnamenti presi da altri corsi di studio, fino ad un massimo di 6 CFU, a prescindere da quale fosse il numero di CFU dell’insegnamento nel corso di studi originale. Si fa presente che, nel caso in cui l’attività a scelta preveda il superamento di un esame, questo è essenziale per l’ottenimento dei CFU rispettivi, pur non contribuendo alla media ponderata finale della carriera dello studente.
