Studiare
In questa sezione è possibile reperire le informazioni riguardanti l'organizzazione pratica del corso, lo svolgimento delle attività didattiche, le opportunità formative e i contatti utili durante tutto il percorso di studi, fino al conseguimento del titolo finale.
Calendario accademico
Il calendario accademico riporta le scadenze, gli adempimenti e i periodi rilevanti per la componente studentesca, personale docente e personale dell'Università. Sono inoltre indicate le festività e le chiusure ufficiali dell'Ateneo.
L’anno accademico inizia il 1° ottobre e termina il 30 settembre dell'anno successivo.
Calendario didattico
Il calendario didattico indica i periodi di svolgimento delle attività formative, di sessioni d'esami, di laurea e di chiusura per le festività.
| Periodo | Dal | Al |
|---|---|---|
| Primo semestre | 4-ott-2021 | 28-gen-2022 |
| Secondo semestre | 7-mar-2022 | 10-giu-2022 |
| Sessione | Dal | Al |
|---|---|---|
| Sessione invernale d'esame | 31-gen-2022 | 4-mar-2022 |
| Sessione estiva d'esame | 13-giu-2022 | 29-lug-2022 |
| Sessione autunnale d'esame | 1-set-2022 | 30-set-2022 |
| Sessione | Dal | Al |
|---|---|---|
| Sessione Estiva | 15-lug-2022 | 15-lug-2022 |
| Sessione Autunnale | 14-ott-2022 | 14-ott-2022 |
| Sessione Invernale | 14-mar-2023 | 14-mar-2023 |
| Periodo | Dal | Al |
|---|---|---|
| Festa di Tutti i Santi | 1-nov-2021 | 1-nov-2021 |
| Festa dell'Immacolata Concezione | 8-dic-2021 | 8-dic-2021 |
| Festività natalizie | 24-dic-2021 | 2-gen-2022 |
| Festa dell'Epifania | 6-gen-2022 | 7-gen-2022 |
| Festività pasquali | 15-apr-2022 | 19-apr-2022 |
| Festa della Liberazione | 25-apr-2022 | 25-apr-2022 |
| Festività Santo Patrono di Verona | 21-mag-2022 | 21-mag-2022 |
| Festa della Repubblica | 2-giu-2022 | 2-giu-2022 |
| Chiusura estiva | 15-ago-2022 | 20-ago-2022 |
Calendario esami
Gli appelli d'esame sono gestiti dalla Unità Operativa Segreteria Corsi di Studio Scienze e Ingegneria.
Per consultazione e iscrizione agli appelli d'esame visita il sistema ESSE3.
Per problemi inerenti allo smarrimento della password di accesso ai servizi on-line si prega di rivolgersi al supporto informatico della Scuola o al servizio recupero credenziali
Per dubbi o domande leggi le risposte alle domande più frequenti F.A.Q. Iscrizione Esami
Docenti
Maris Bogdan Mihai
bogdan.maris@univr.it
+39 045 802 7074
giulio.mazzi@univr.it
Piano Didattico
Il piano didattico è l'elenco degli insegnamenti e delle altre attività formative che devono essere sostenute nel corso della propria carriera universitaria.
Selezionare il piano didattico in base all'anno accademico di iscrizione.
| Insegnamenti | Crediti | TAF | SSD |
|---|
| Insegnamenti | Crediti | TAF | SSD |
|---|
1° Anno
| Insegnamenti | Crediti | TAF | SSD |
|---|
2° Anno Attivato nell'A.A. 2022/2023
| Insegnamenti | Crediti | TAF | SSD |
|---|
| Insegnamenti | Crediti | TAF | SSD |
|---|
Legenda | Tipo Attività Formativa (TAF)
TAF (Tipologia Attività Formativa) Tutti gli insegnamenti e le attività sono classificate in diversi tipi di attività formativa, indicati da una lettera.
Tipologia di Attività formativa D e F
Le attività formative di tipologia D sono a scelta dello studente, quelle di tipologia F sono ulteriori conoscenze utili all’inserimento nel mondo del lavoro (tirocini, competenze trasversali, project works, ecc.). In base al Regolamento Didattico del Corso, alcune attività possono essere scelte e inserite autonomamente a libretto, altre devono essere approvate da apposita commissione per verificarne la coerenza con il piano di studio. Le attività formative di tipologia D o F possono essere ricoperte dalle seguenti attività.
1. Insegnamenti impartiti presso l'Università di Verona
Comprendono gli insegnamenti sotto riportati e/o nel Catalogo degli insegnamenti (che può essere filtrato anche per lingua di erogazione tramite la Ricerca avanzata).
Modalità di inserimento a libretto: se l'insegnamento è compreso tra quelli sottoelencati, lo studente può inserirlo autonomamente durante il periodo in cui il piano di studi è aperto; in caso contrario, lo studente deve fare richiesta alla Segreteria, inviando a carriere.scienze@ateneo.univr.it il modulo nel periodo indicato.
2. Attestato o equipollenza linguistica CLA
Oltre a quelle richieste dal piano di studi, per gli immatricolati dall'A.A. 2021/2022 vengono riconosciute:
- Lingua inglese: vengono riconosciuti 3 CFU per ogni livello di competenza superiore a quello richiesto dal corso di studio (se non già riconosciuto nel ciclo di studi precedente).
- Altre lingue e italiano per stranieri: vengono riconosciuti 3 CFU per ogni livello di competenza a partire da A2 (se non già riconosciuto nel ciclo di studi precedente).
Tali cfu saranno riconosciuti, fino ad un massimo di 6 cfu complessivi, di tipologia F se il piano didattico lo consente, oppure di tipologia D. Ulteriori crediti a scelta per conoscenze linguistiche potranno essere riconosciuti solo se coerenti con il progetto formativo dello studente e se adeguatamente motivati.
Gli immatricolati fino all'A.A. 2020/2021 devono consultare le informazioni che si trovano qui.
Modalità di inserimento a libretto: richiedere l’attestato o l'equipollenza al CLA e inviarlo alla Segreteria Studenti - Carriere per l’inserimento dell’esame in carriera, tramite mail: carriere.scienze@ateneo.univr.it
3. Competenze trasversali
Scopri i percorsi formativi promossi dal TALC - Teaching and learning center dell'Ateneo, destinati agli studenti regolarmente iscritti all'anno accademico di erogazione del corso https://talc.univr.it/it/competenze-trasversali
Modalità di inserimento a libretto: non è previsto l'inserimento dell'insegnamento nel piano di studi. Solo in seguito all'ottenimento dell'Open Badge verranno automaticamente convalidati i CFU a libretto. La registrazione dei CFU in carriera non è istantanea, ma ci saranno da attendere dei tempi tecnici.
4. Periodo di stage/tirocinio
Oltre ai CFU previsti dal piano di studi (verificare attentamente quanto indicato sul Regolamento Didattico): qui informazioni su come attivare lo stage.
Insegnamenti e altre attività che si possono inserire autonomamente a libretto
| anni | Insegnamenti | TAF | Docente |
|---|---|---|---|
| 1° | Lab.: The fashion lab (1 cfu) | D |
Caterina Fratea
(Coordinatore)
|
| anni | Insegnamenti | TAF | Docente |
|---|---|---|---|
| 1° 2° | Analisi di dati per scienze biomediche | D |
Gloria Menegaz
(Coordinatore)
|
| 1° 2° | Introduzione alla robotica per studenti di materie scientifiche | D |
Paolo Fiorini
(Coordinatore)
|
| 1° 2° | Linguaggio Programmazione Matlab-Simulink | D |
Bogdan Mihai Maris
(Coordinatore)
|
| anni | Insegnamenti | TAF | Docente |
|---|---|---|---|
| 1° | Lab.: The fashion lab (1 cfu) | D |
Caterina Fratea
(Coordinatore)
|
| anni | Insegnamenti | TAF | Docente |
|---|---|---|---|
| 1° 2° | Introduzione alla robotica per studenti di materie scientifiche | D |
Paolo Fiorini
(Coordinatore)
|
| 1° 2° | Introduzione alla stampa 3D | D |
Franco Fummi
(Coordinatore)
|
| 1° 2° | Progettazione di componenti hardware su FPGA | D |
Franco Fummi
(Coordinatore)
|
| 1° 2° | Prototipizzazione con Arduino | D |
Franco Fummi
(Coordinatore)
|
| 1° 2° | Tutela dei beni immateriali (SW e invenzione) tra diritto industriale e diritto d’autore | D |
Roberto Giacobazzi
(Coordinatore)
|
| anni | Insegnamenti | TAF | Docente |
|---|---|---|---|
| 1° 2° | Linguaggio programmazione Python | D |
Giulio Mazzi
(Coordinatore)
|
Fundamental algorithms for bioinformatics (2021/2022)
Codice insegnamento
4S004550
Crediti
12
Coordinatore
Lingua di erogazione
Inglese
Offerto anche nei corsi:
- Algorithms for computational biology del corso Laurea magistrale in Molecular and medical biotechnology
Settore Scientifico Disciplinare (SSD)
INF/01 - INFORMATICA
L'insegnamento è organizzato come segue:
Algorithm design
Bioinformatics algorithms
Obiettivi formativi
Il corso permetterà agli studenti di acquisire un bagaglio di strumenti analitici avanzati alla base delle soluzioni algoritmiche di problemi fondamentali in bioinformatica. Conoscenza e capacità di comprensione Fornire le conoscenze e le competenze necessarie per l'analisi e la progettazione di soluzioni algoritmiche a problemi fondamentali in bioinformatica. Conoscenze applicate e capacità di comprensione Capacità di progettare soluzioni algoritmiche per problemi tipici di bionformatica e biologia computazionale, quali l'analisi di sequenze omiche. Autonomia di giudizio Capacità di individuare le componenti strutturali critiche e quindi gli approcci più idonei nel trattamento di problemi complessi di bioinformatica. Abilità comunicative Capacità di descrivere con l'adeguata precisione e chiarezza un problema bioinformatico, la sua modellizzazione e la soluzione associata sia ad interlocutori esperti che in contesti meno specialistici e multidisciplinari. Capacità di apprendere Capacità di ampliare le proprie conoscenze in ambito bioinformatico anche in maniera autonoma, utilizzando le nozioni apprese per leggere comprendere ed eventualmente rielaborare autonomamente articoli e testi scientifici di livello avanzato.
Programma
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MM: Algorithm design
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1. Concetti di base di analisi degli algoritmi e complessità: ricapitolazione di algoritmi per la visita di grafi; problemi di cammini minimi; alberi minimi ricoprenti; elementi di teoria della complessità computazionale e NP-completezza. 2. Modelli di Genome Rearrangement: (i) algoritmi di approssimazione per modelli basati su inversioni (permutazioni senza segno); (ii) il modello DCJ; (iii) algoritmi di approssimazione per la "Synteny Distance". 3. Modelli per DNA assembly: (i) Il problema della superstringa più corta (SCS), relazioni con il problema del max-cost TSP, approssimazione della massimia compressione mediante matching pesato in grafi bipartiti; (ii) Assembly mediate cicli Euleriani; algoritmi efficienti per costruire cicli e cammini Euleriani. 4. Misure di distanza tra sequenza biologiche: (i) edit distance, (ii) LCS-distance, (iii) q-gram distance, (iv) possibilmente ulteriori distanze. 5. Introduzione di strutture dati per sequenze genomiche: (i) cenni di suffix tree e suffix array, (ii) qualche applicazione.
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MM: Bioinformatics algorithms
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1. Confronto di coppie di sequenze: (i) Allineamento di coppie di sequenze (globale, locale); (ii) varianti: allineamento ottimale in spazio lineare, allineamento semiglobale, affine gap penalties; (iii) similarità vs. distanza; (iv) allineamento di coppie di sequenze in pratica: dotplot, BLAST, matrici di punteggio 2. Allineamento di sequenze multiple: (i) Soluzione esatta DP; (ii) Riduzione dello spazio di ricerca con il metodo Carillo-Lipman; (iii) approssimazioni, euristiche 3. RNA secondary structure prediction 4. Riconstruzione filogenetica: (i) dati di tipo distanza: alberi ultrametrici e UPGMA; (ii) dati di tipo distanza: alberi additivi e Neighbor Joining; (iii) dati di tipo carattere: Filogenetica perfetta (PP); (iv) dati di tipo carattere: Small Parsimony (Fitch' algorithm); (v) dati di tipo carattere: euristiche per Large Parsimony
Modalità d'esame
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MM: Algorithm design
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L'esame è volto ad accertare che gli studenti abbiano acquisito padronanza delle tecniche fondamentali per l'analisi e la progettazione di algoritmi e che conoscano il loro utilizzo per la soluzione di alcuni problemi computazionali classici in bioinformatica. Per il superamento dell'esame è necessario sostenere una prova scritta con quesiti aperti e/o a risposta multipla. Tali esercizi verificano le conoscenze relative all'analisi di algoritmi e alle soluzioni di problemi classici analizzati durante il corso e la capacità dello studente di modellare un nuovo problema e progettare e descrivere una soluzione algoritmica. Se si consegue un risultato superiore a 25 nella prova scritta è necessario sostenere un colloquio orale.
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MM: Bioinformatics algorithms
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Per il superamento dell'esame è necessario sostenere una prova scritta. Se si consegue un risultato superiore a 25 nella prova scritta è necessario sostenere un colloquio orale. La prova scritta include domande teoriche (problemi visti a lezione; analisi di algoritmi visti a lezione; proprietà matematiche di tali problemi e algoritmi; quali algoritmi esistono per un dato problema, etc), ed applicazione di algoritmi a problemi concreti (calcolo di un allineamento mediante l'algoritmo DP, etc). Nel colloquio orale, gli studenti dovranno anche dettagliare le soluzioni presentate nella prova scritta, e dimostrare padronanza delle conoscenze acquisite. Il voto finale per l'intero esame di "Fundamental Algorithms for Bioinformatics" è dato dalla media aritmetica dei voti conseguiti nei due moduli. Gli studenti del Masters in Molecular e medical biotechnology sostengono una prova con quesiti differenti.
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Il voto finale per l'intero esame di "Fundamental Algorithms for Bioinformatics" è dato dalla media dei voti conseguiti nei due moduli. Non sono previsti esami diversi per studenti frequentanti e no.
Prospettive
Avvisi degli insegnamenti e del corso di studio
Per la comunità studentesca
Se sei già iscritta/o a un corso di studio, puoi consultare tutti gli avvisi relativi al tuo corso di studi nella tua area riservata MyUnivr.
In questo portale potrai visualizzare informazioni, risorse e servizi utili che riguardano la tua carriera universitaria (libretto online, gestione della carriera Esse3, corsi e-learning, email istituzionale, modulistica di segreteria, procedure amministrative, ecc.).
Entra in MyUnivr con le tue credenziali GIA: solo così potrai ricevere notifica di tutti gli avvisi dei tuoi docenti e della tua segreteria via mail e a breve anche tramite l'app Univr.
Prova Finale
Scadenziari e adempimenti amministrativi
Per gli scadenziari, gli adempimenti amministrativi e gli avvisi sulle sessioni di laurea, si rimanda al servizio Sessioni di laurea - Scienze e Ingegneria.
Necessità di attivare un tirocinio per tesi
Per stage finalizzati alla stesura della tesi di laurea, non è sempre necessaria l'attivazione di un tirocinio tramite l'Ufficio Stage. Per maggiori informazioni, consultare il documento dedicato, che si trova nella sezione "Documenti" del servizio dedicato agli stage e ai tirocini.
Regolamento della prova finale
Alla tesi di laurea sono dedicati 24 CFU, per un lavoro che non deve superare i 4-5 mesi a tempo pieno per la/o studentessa/studente.
La tesi di laurea sarà compilata e discussa in lingua inglese, anche mediante l'ausilio di supporti multimediali quali slide, filmati, immagini e suoni.
Scopo della Tesi di Laurea
Scopo della tesi è quello di sviluppare uno studio originale che può culminare con un progetto applicativo o un risultato teorico connesso a specifici problemi di natura progettuale o una rassegna critica sullo stato dell'arte in un determinato ambito di studio. Nel corso dello svolgimento della Tesi il laureando dovrà, sotto la guida del relatore ed eventuali correlatori, affrontare lo studio e l'approfondimento degli argomenti scelti, ma anche acquisire capacità di sintesi e applicazione creativa delle conoscenze acquisite. Il contenuto della Tesi deve essere inerente a tematiche della bioinformatica e della informatica medica o discipline strettamente correlate. La Tesi consiste nella presentazione in forma scritta di attività che possono essere articolate come: -progettazione e sviluppo di applicazioni o sistemi; -analisi critica di contributi tratti dalla letteratura scientifica; -contributi originali di ricerca.
La Tesi può essere redatta sia in lingua inglese che in lingua italiana, e può essere discussa sia in inglese che in italiano, anche mediante l'ausilio di supporti multimediali quali slide, filmati, immagini e suoni. Nel caso di tesi redatta in lingua italiana alla medesima dovrà essere aggiunto un breve riassunto in lingua inglese.
Modalità di svolgimento e valutazione.
La prova finale consiste nello sviluppo di una tesi di laurea, che impegni lo studente in un lavoro di ricerca, formalizzazione, progettazione o sviluppo: tale lavoro contribuirà sostanzialmente al completamento della sua formazione tecnico-scientifica. Ogni tesi di Laurea può essere interna o esterna, a seconda che sia svolta presso l'Università di Verona o in collaborazione con un altro Ente. Ogni tesi prevede un relatore, eventualmente affiancato da uno o più correlatori, e un controrelatore. Il controrelatore è nominato dal Collegio Didattico almeno 20 gg prima della discussione della Tesi, verificata l'ammissibilità dello studente a sostenere l'esame di Laurea Magistrale. Per quanto riguarda gli aspetti giuridici (ad esempio, proprietà intellettuale dei risultati) legati alla Tesi e ai risultati ivi contenuti, si rimanda alla legislazione vigente in materia ed ai Regolamenti di Ateneo.
Valutazione delle Tesi
I criteri su cui sono chiamati ad esprimersi relatore ed eventuali correlatori e controrelatore sono i seguenti:
1. livello di approfondimento del lavoro svolto, in relazione allo stato dell'arte dei settori disciplinari di pertinenza informatica, con enfasi sulle applicazioni agli ambiti medici e biologici;
2. avanzamento conoscitivo o tecnologico apportato dalla Tesi;
3. impegno critico espresso dalla/dal laureanda/o;
4. impegno sperimentale e/o di sviluppo formale espresso dal laureando;
5. autonomia di lavoro espressa dalla/dal laureanda/o;
6. significatività delle metodologie impiegate;
7. accuratezza dello svolgimento e della scrittura;
La/il controrelatrice/controrelatore non è chiamata/o ad esprimersi sul punto 5.
Voto di Laurea.
Il voto di Laurea (espresso in 110mi) è un valore intero compreso tra 66/110 e 110/110 e viene formato dalla somma, arrotondata al numero intero più vicino (e.g., 93.50 diventa 94, 86.49 diventa 86), dei seguenti addendi:
1) media pesata sui crediti e rapportata a 110 dei voti conseguiti negli esami di profitto;
2) valutazione del colloquio di Laurea e della Tesi secondo le seguenti modalità:
a) attribuzione di un coefficiente compreso tra 0 e 1 (frazionario con una cifra decimale) per ciascuno dei punti 1-7 elencati sopra;
b) attribuzione di un coefficiente compreso tra 0 e 1 (frazionario con una cifra decimale) per la qualità della presentazione;
c) somma dei coefficienti attribuiti ai punti a e b.
La presenza di eventuali lodi ottenute negli esami sostenuti, la partecipazione a stage ufficialmente riconosciuti dal Collegio Didattico di Informatica, il superamento di esami in soprannumero ed il raggiungimento della Laurea in tempi contenuti rispetto alla durata legale del corso degli studi possono essere utilizzati dalla Commissione di Laurea per attribuire un ulteriore incremento di un punto. Qualora la somma ottenuta raggiunga 110/110, la Commissione può decidere l'attribuzione della lode. La lode viene
proposta e discussa dalla Commissioni, senza l'adozione di particolari meccanismi di calcolo automatico. In base alle norme vigenti, la lode viene attribuita solo se il parere è unanime
Tesi esterne
Una Tesi esterna viene svolta in collaborazione con un ente diverso dall'Università di Verona. In tal caso, il laureando dovrà preventivamente concordare il tema della Tesi con un relatore dell'Ateneo. Inoltre, è previsto almeno un correlatore appartenente all'ente esterno, quale riferimento immediato per lo studente nel corso dello svolgimento dell’attività di Tesi. Relatore e correlatori devono essere indicati nella domanda di assegnazione Tesi. Le modalità assicurative della permanenza dello studente presso l'Ente esterno sono regolate dalle norme vigenti presso l'Università di Verona. Se la Tesi si configura come un periodo di formazione presso tale ente, allora è necessario stipulare una convenzione tra l'Università e detto ente. I risultati contenuti nella Tesi sono patrimonio in comunione di tutte le persone ed enti coinvolti. In particolare, i contenuti ed i risultati della Tesi sono da considerarsi pubblici. Per tutto quanto riguarda aspetti non strettamente scientifici (e.g. convenzioni, assicurazioni) ci si rifà alla delibera del Senato Accademico del 12 gennaio 1999.
Relatore, correlatori, controrelatori. La Tesi di Laurea viene presentata da un relatore. Relatore può essere un docente di ruolo del corso di Laurea Magistrale in Medical Bioinformatics o del Dipartimento di Informatica o inquadrato nei SSD ING/INF/05 e INF/01 dell’Ateneo. Oltre a coloro che hanno i requisiti indicati rispetto al ruolo di relatore (come indicato sopra), possono svolgere il ruolo di correlatori anche ricercatori operanti in istituti di ricerca extra-universitari assegnisti di ricerca, titolari di borsa di studio post-dottorato, dottorandi di ricerca, personale tecnico del Dipartimento, cultori della materia nominati da un Ateneo italiano ed ancora in vigore, referenti aziendali esperti nel settore considerato nella Tesi. Controrelatore può essere nominato qualunque docente dei settori scientifico-disciplinari presenti nell’offerta didattica della laurea magistrale in Medical Bioinformatics e in servizio presso l'Università degli Studi di Verona, che risulti particolarmente competente nell'ambito specifico di studio della Tesi.
Erasmus+ e altre esperienze all’estero
Modalità di frequenza
Come riportato nel Regolamento Didattico per l'A.A. 2022/2023, la frequenza al corso di studio non è obbligatoria.
Per le modalità di erogazione della didattica, si rimanda alle informazioni in costante aggiornamento dell'Unità di Crisi.
