Studying at the University of Verona
Here you can find information on the organisational aspects of the Programme, lecture timetables, learning activities and useful contact details for your time at the University, from enrolment to graduation.
Type D and Type F activities
This information is intended exclusively for students already enrolled in this course.If you are a new student interested in enrolling, you can find information about the course of study on the course page:
Laurea magistrale in Biotecnologie per le biorisorse e lo sviluppo ecosostenibile - Enrollment from 2025/2026Le attività formative di tipologia D sono a scelta dello studente, quelle di tipologia F sono ulteriori conoscenze utili all’inserimento nel mondo del lavoro (tirocini, competenze trasversali, project works, ecc.). In base al Regolamento Didattico del Corso, alcune attività possono essere scelte e inserite autonomamente a libretto, altre devono essere approvate da apposita commissione per verificarne la coerenza con il piano di studio. Le attività formative di tipologia D o F possono essere ricoperte dalle seguenti attività.
1. Insegnamenti impartiti presso l'Università di Verona
Comprendono gli insegnamenti sotto riportati e/o nel Catalogo degli insegnamenti (che può essere filtrato anche per lingua di erogazione tramite la Ricerca avanzata).
Modalità di inserimento a libretto: se l'insegnamento è compreso tra quelli sottoelencati, lo studente può inserirlo autonomamente durante il periodo in cui il piano di studi è aperto; in caso contrario, lo studente deve fare richiesta alla Segreteria, inviando a carriere.scienze@ateneo.univr.it il modulo nel periodo indicato.
2. Attestato o equipollenza linguistica CLA
Oltre a quelle richieste dal piano di studi, per gli immatricolati dall'A.A. 2021/2022 vengono riconosciute:
- Lingua inglese: vengono riconosciuti 3 CFU per ogni livello di competenza superiore a quello richiesto dal corso di studio (se non già riconosciuto nel ciclo di studi precedente).
- Altre lingue e italiano per stranieri: vengono riconosciuti 3 CFU per ogni livello di competenza a partire da A2 (se non già riconosciuto nel ciclo di studi precedente).
Tali cfu saranno riconosciuti, fino ad un massimo di 6 cfu complessivi, di tipologia F se il piano didattico lo consente, oppure di tipologia D. Ulteriori crediti a scelta per conoscenze linguistiche potranno essere riconosciuti solo se coerenti con il progetto formativo dello studente e se adeguatamente motivati.
Gli immatricolati fino all'A.A. 2020/2021 devono consultare le informazioni che si trovano qui.
Modalità di inserimento a libretto: richiedere l’attestato o l'equipollenza al CLA e inviarlo alla Segreteria Studenti - Carriere per l’inserimento dell’esame in carriera, tramite mail: carriere.scienze@ateneo.univr.it
Attenzione: agli studenti, che hanno conseguito il livello B2 d’inglese nelle loro carriere triennali, si sottolinea la necessità di sostituire il livello B2 d’inglese completo, previsto dal piano didattico, con il livello C1 informatizzato d’inglese oppure di acquisire altra competenza linguistica in una lingua comunitaria almeno di livello B1 completo.
3. Competenze trasversali
Scopri i percorsi formativi promossi dal TALC - Teaching and learning center dell'Ateneo, destinati agli studenti regolarmente iscritti all'anno accademico di erogazione del corso https://talc.univr.it/it/competenze-trasversali
Modalità di inserimento a libretto: non è previsto l'inserimento dell'insegnamento nel piano di studi. Solo in seguito all'ottenimento dell'Open Badge verranno automaticamente convalidati i CFU a libretto. La registrazione dei CFU in carriera non è istantanea, ma ci saranno da attendere dei tempi tecnici.
4. CONTAMINATION LAB
Il Contamination Lab Verona (CLab Verona) è un percorso esperienziale con moduli dedicati all'innovazione e alla cultura d'impresa che offre la possibilità di lavorare in team con studenti e studentesse di tutti i corsi di studio per risolvere sfide lanciate da aziende ed enti. Il percorso permette di ricevere 6 CFU in ambito D o F. Scopri le sfide: https://www.univr.it/clabverona
ATTENZIONE: Per essere ammessi a sostenere una qualsiasi attività didattica, incluse quelle a scelta, è necessario essere iscritti all'anno di corso in cui essa viene offerta. Si raccomanda, pertanto, ai laureandi delle sessioni di dicembre e aprile di NON svolgere attività extracurriculari del nuovo anno accademico, cui loro non risultano iscritti, essendo tali sessioni di laurea con validità riferita all'anno accademico precedente. Quindi, per attività svolte in un anno accademico cui non si è iscritti, non si potrà dar luogo a riconoscimento di CFU.
5. Periodo di stage/tirocinio
Oltre ai CFU previsti dal piano di studi (verificare attentamente quanto indicato sul Regolamento Didattico): qui informazioni su come attivare lo stage.
Insegnamenti e altre attività che si possono inserire autonomamente a libretto
| years | Modules | TAF | Teacher |
|---|---|---|---|
| 1° 2° | Python programming language | D |
Carlo Combi
(Coordinator)
|
| 1° 2° | History and Didactics of Geology | D |
Guido Gonzato
(Coordinator)
|
Genomics and metagenomics for bioresources (2022/2023)
Teaching code
4S008291
Teacher
Coordinator
Credits
6
Language
Italian
Scientific Disciplinary Sector (SSD)
BIO/18 - GENETICS
Period
Semester 1 dal Oct 3, 2022 al Jan 27, 2023.
Learning objectives
The opportunity to analyze and reconstruct genomes with high processivity and accuracy, even within bioprocesses, allows to exploit genomic data as an irreplaceable source of information for the identification of functional characteristics of biotechnological interest. The course aims to provide knowledge on the structure and function of eukaryotic, prokaryotic and viral genomes, with particular emphasis on organisms of interest for bio-transformations. The course will focus on methods for genome analysis, which include sequencing, mapping, assembly and gene annotation. Metagenomic approaches that exploit second and third generation sequencing will be explored, with a particular focus on those aimed at characterizing the composition of microorganisms in natural environments and bioprocesses (natural or induced). Finally, representative examples of microbiome characterization in different environments will be analyzed.
Prerequisites and basic notions
Basic knowledge of molecular biology and genetics.
Program
Part 1. STRUCTURAL CHARACTERIZATION OF GENOMES
A) The anatomy of genomes
- Structural and genetic organization of prokaryotic genomes and eukaryotic organelles
- Structural and genetic organization of eukaryotic genomes
- Coding and non-coding genes
- Repeated elements
- Pseudogenes
- Bacterial and plant pan-genome
B) Methods for the structural analysis of genomes
- First generation sequencing
- Second generation sequencing methods
- Third generation sequencing methods
- Methods for generating physical and genetic maps
- Introduction to molecular markers and to methods for their analysis
- Sequencing based on linked-reads
C) Approaches for the study and assembly of genomes
- de-novo Assembly:
- hierarchical approach
- shot-gun approach
- hybrid approach
- Comparative analysis:
- reference-based assembly
- re-sequencing
D) Genome Projects
Students will actively carry out the analysis, presentation and discussion of original articles related to genome sequencing projects of organisms that constitute bioresources.
Part 2. FUNCTIONAL CHARACTERIZATION OF GENOMES
A) The transcriptome
- Components of the transcriptome
- Classes and functions of long and small non-coding RNA
B) Methods for the analysis of transcriptome
- Transcriptome analysis by second-generation sequencing
- Transcriptome analysis by third generation sequencing
- Analysis of microRNAs (PCR-based methods and sequencing)
C) Annotation of genomes
- Ab initio gene prediction
- Annotation guided by experimental evidence
- Annotation based on synteny analysis
- Genomic browsers
- In-silico functional annotation
D) The epigenome
- DNA organization in the nucleus and chromatin structure
- Introduction to epigenetic markers (histone modifications and DNA methylation)
E) Methods for the analysis of the epigenome
- Chromatin conformation analysis
- Analysis of DNA-protein interaction
- Analysis of histone markers
- Methylation analysis
Part 3. METAGENOMICS
A) Methods for metagenomic analysis
- Sequence-based metagenomics vs functional metagenomics
- DNA barcodes and metabarcoding
- Metagenomics by Whole Genome Shot-gun sequencing
- Shot-gun metagenomics by HiC, linked-reads and long reads
- Meta-transcriptomics
B) Metagenomic projects
Students will actively analyze, present and discuss original articles related to metagenomic projects relevant for bioresources.
Part 4. EVOLUTION OF GENOMES
- The first genomes and evolution of complex genomes
- Mutations and DNA repair
- Gene duplication, gene families and gene conversion
- Chromosomal alterations and polyploidy
- Horizontal transfer to prokaryotes
Bibliography
Didactic methods
THE LESSONS WILL TAKE PLACE IN DUAL MODE ONLY WHEN NECESSARY (E.G. COVID-19, VISA delay, etc.).
ALL TEACHING MATERIALS AND (when necessary) LESSON RECORDINGS WILL BE AVAILABLE IN THE COURSE'S MOODLE PLATFORM.
Learning assessment procedures
The final exam includes the presentation of a scientific paper and a written exam (5 open questions) covering the course program. The written exam will last 1 hours.
It will be also possible to carry out the exam remotely in case of COVDI-19. In this case, the article will be presented in a teleconference and the exame will be oral (via zoom). At this aim, please get in touch via email: marzia.rossato@univ.it
Evaluation criteria
Paper presentation: understanding of the research conducted and the methods applied. Clarity of presentation.
Open questions: Correctness, completeness, clarity and punctuality of the answer with respect to the question.
Criteria for the composition of the final grade
The final vote will result from the sum of votes assigned to the paper presentation (max 3 points) and the vote of written exam (maximum 3 points for each question). The total will be converted to 33 points and the final voting will be expressed in thirtieths.
Exam language
italiano
