Codice insegnamento

4S003719

Crediti

6

Coordinatore

Non ancora assegnato

Lingua di erogazione

Italiano

Settore Scientifico Disciplinare (SSD)

CHIM/01 - CHIMICA ANALITICA

Corsi Singoli

Autorizzato con riserva

Moodle Seminari 0

Per visualizzare la struttura dell’insegnamento a cui questo modulo appartiene, consultare:  organizzazione dell'insegnamento

L'insegnamento è organizzato come segue:

Programma

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UL: Metabolomica laboratorio
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Il programma dell’insegnamento prevede la presentazione e trattazione dei seguenti argomenti:
- il disegno sperimentale;
- estrazione dei metaboliti e la preparazione dei campioni per la metabolomica basata su LC-MS;
- analisi dei formati e conversione dei dati in metabolomica;
- analisi dei cromatogrammi e l’annotazione dei metaboliti;
- il pre-processamento dei dati e l’effetto di varie tecniche di normalizzazione;
- il processamento dei dati (tramite MZmine) per la creazione di una “Feature Quantification Matrix”;
- analisi statistica dei dati attraverso tecniche multivariate (PCA, PLS-DA, OPLS-DA) ed univariate.
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UL: Proteomica laboratorio
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La preparazione del campione.
Separazione in gel.
Analisi di proteine/peptidi tramite spettrometria di massa e massa/massa.
Analisi degli spettri di massa e ricerca in Banche Dati per l’identificazione delle proteine.
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UL: Proteomica teoria
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Lo studio della proteomica implica conoscenze di base del materiale proteico, forniti con i corsi di biochimica di base, e nozioni di base di metodi biochimici, forniti con insegnamenti di biochimica analitica di base.
Gli argomenti trattati durante il modulo di proteomica sono:
• Il concetto di proteoma.
• La preparazione del campione.
• Metodiche Gel-Based.
• Metodiche Gel-Free.
• Il pre-frazionamento per l’analisi di proteine poco abbondanti.
• Analisi di proteine/peptidi tramite spettrometria di massa e massa/massa.
• Analisi degli spettri di massa e ricerca in Banche Dati per l’identificazione delle proteine.
• Cenni di proteomica quantitativa.
• Applicazioni in ambito agro-alimentare dell’analisi proteomica.
Le lezioni teoriche (3 CFU) sono affrontate in aula. Ad esse è affiancata una parte di esercitazioni di laboratorio (1CFU), svolte in piccoli gruppi (3-4 persone), per tradurre in pratica i concetti teorici, affrontando il problema dell’analisi proteomica di un campione di origine agroalimentare. Le esercitazioni si suddividono in 4 incontri in cui si trattano praticamente i seguenti argomenti:
• Definizione di un protocollo di trattamento del campione; trattamento del campione.
• Separazione del campione proteico con approcio in gel, prima dimensione.
• Separazione del campione proteico con approccio in gel, seconda dimensione.
• Analisi del risultato. Identificazione delle proteine tramite impiego di banche dati proteiche.

Modalità didattiche

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UL: Metabolomica laboratorio
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Le attività didattiche consisteranno in:
- Esercitazioni di gruppo aventi come obiettivo la risoluzione di casi specifici di metabolomica;
- Esperienze di laboratorio per l'estrazione dei metaboliti da diverse matrici vegetali;
- Esercitazione di laboratorio individuale con l'impiego di strumenti informatici per la manipolazione dei dati di metabolomica.
- Osservazione visiva e spiegazione delle componenti estere ed interne di un sistema LC-MS per comprenderne il funzionamento.
La frequenza al laboratorio è fortemente consigliata.
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UL: Proteomica laboratorio
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Le lezioni del modulo di teoria sono frontali, in aula, condotte con l'ausilio di supporti visivi, come slides e video.
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UL: Proteomica teoria
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Le lezioni teoriche sono erogate con didattica frontale, in aula, e condotte con l'ausilio di supporti visivi, slides e video.

Modalità di verifica dell'apprendimento

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UL: Metabolomica laboratorio
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L’accertamento dei risultati di apprendimento prevede lo svolgimento di una prova scritta mediante test a risposta multipla. Durante la prova, verranno valutate entrambe le nozioni di teoria e pratica.
In taluni casi, il docente si riserva la facoltà di accertare le competenze acquisite mediante prova orale o simulazione con l'impiego dei software utilizzati durante il corso.
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UL: Proteomica laboratorio
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L’esame è volto ad accertare l’acquisizione da parte dello studente delle abilità descritte negli obiettivi (conoscenza del materiale proteico e del campione in analisi, padronanza dei metodi per estrarre proteine dal campione, abilità decisionali nella scelta del metodo separativo; abilità di base di analisi in spettrometria di massa e di lettura degli spettri; abilità di ricerca sulle banche dati in silico per l’identificazione delle proteine, abilità di validazione del risultato; abilità di definizione di una strategia quantitativa di analisi proteomica).
La prova di esame è scritta, con domande aperte, dura 2 ore. La prova scritta si integra, a richiesta, con una prova orale.
La prova di esame sarà valutata sulla base della capacità dello studente di rispondere alle domande correlando concetti e metodi in modo appropriato e, laddove proposte, dettagliando il significato di equazioni, o riportando grafici pertinenti.
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UL: Proteomica teoria
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L’esame è volto ad accertare l’acquisizione da parte dello studente delle abilità descritte negli obiettivi (conoscenza del materiale proteico e del campione in analisi, padronanza dei metodi per estrarre proteine dal campione, abilità decisionali nella scelta del metodo separativo; abilità di base di analisi in spettrometria di massa e di lettura degli spettri; abilità di ricerca sulle banche dati in silico per l’identificazione delle proteine, abilità di validazione del risultato; abilità di definizione di una strategia quantitativa di analisi proteomica).
La prova di esame è scritta, con domande aperte e dura 2 ore. La prova scritta si integra, a richiesta, con una prova orale.

Criteri di valutazione

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UL: Metabolomica laboratorio
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I criteri di valutazione sono i seguenti:
- capacità di organizzare discorsivamente la conoscenza;
- capacità di ragionamento critico sullo studio realizzato;
- capacità di risolvere una tematica complessa;
- qualità dell’esposizione e utilizzo del lessico specialistico.
Il voto sarà espresso in trentesimi con eventuale lode finale.
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UL: Proteomica laboratorio
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Criteri di valutazione sono: la conoscenza teorica degli argomenti e delle tecniche in programma; la padronanza del linguaggio tecnico; la capacità di correlare concetti e metodi; la chiarezza espositiva.
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UL: Proteomica teoria
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La prova di esame sarà valutata sulla base della capacità dello studente di rispondere alle domande correlando concetti e metodi in modo appropriato e, laddove proposte, dettagliando il significato di equazioni, o riportando grafici pertinenti.

Lingua dell'esame

Italiano