Codice insegnamento

4S004548

Docente

Rosalba Giugno

Coordinatore

Rosalba Giugno

Crediti

12

Lingua di erogazione

Inglese

Settore Scientifico Disciplinare (SSD)

INF/01 - INFORMATICA

Periodo

II sem., I sem.

Moodle Seminari 0

Obiettivi formativi

Il corso ha l’obiettivo di fornire gli strumenti di programmazione necessari per l’analisi di dati genomici, trascrittomici e proteomici provenienti dalle tecnologie di ultima generazione. Per ogni argomento sono previste lezioni teoriche e di seguito (stesso giorno o giorni seguenti secondo il calendario) esercitazione in laboratorio.
A completamento del corso gli studenti saranno in grado di programmare, secondo i dati da analizzare e la domanda biomedica da risolvere, la pipeline di analisi appropriata. Sapranno altresì interpretare i dati e i risultati ottenuti.

Programma

Programmare in R. Introduzione. Le Strutture dati: Vettori, Matrici, Liste, Data Frame. Data Frame. Le funzioni. In/Out. Visualizzazione, la grammatica di graphics e ggplot2.

Capire e usare la Statistica: Pvalue, FDR, median, MAD, rank test, Spearman, test multiple e modelli lineari.

Programmare con Bioconductor. Struttura, principi e funzione. Allineamento di sequenze, progettazione sperimentale, effetti batch, analisi dei dati RNA-Seq e espressione differenziale, analisi di metilazione, analisi CNV, analisi di Microarray. Risorse di annotazione, Arricchimento funzionale.

Programmazione in Python e Bash. Introduzione e principi di base.

Algoritmi di analisi avanzati. Clustering e classificazione, resampling, cross-validation, bootstrap e test di permutazione, reti biologiche e loro analisi.

Il materiale didattico (principalmente basato su articoli scientifici continuamente aggiornati e guide online alla programmazione) è disponile nella piattaforma e-learning di Ateneo relativa al corso.

Modalità d'esame

L’esame consiste di una parte scritta (A) e di una progettuale (B). A consiste nello sviluppo di un programma in R per la risoluzione di un problema su dati genomici, trascrittomici o proteomici. B consiste nello sviluppo di un progetto concordato con il docente previo richiesta via email e appuntamento per l’elaborazione delle specifiche (il progetto ha validità tutto l’anno accademico). I progetti hanno diversi livelli di difficoltà. Ad ogni difficoltà corrisponde un valore massimo di valutazione. Gli studenti sosteranno un colloquio per commentare e approfondire le prove sostenute (A e B).

Riguardo al punto A, i frequentanti al corso potranno partecipare a due prove intermedie previste durante l’anno. Le prove consistono nello sviluppo di un programma in R per l'analisi di dati biomedici. Le due prove avranno un voto cumulativo espresso in trentesimi e comunicato agli studenti alla fine del corso.

Riguardo al punto B, i frequentanti al corso potranno potranno esporre alla classe le tematiche del loro progetto, il contesto di ricerca in cui il progetto è collocato, e lo stato di avanzamento dello stesso.

Il voto per le parti A e B è espresso in trentesimi.

Il voto finale è calcolato come min(31, ((A+B)/2)+C).
C è espresso nell'intervallo[-4,+4] è riflette la maturazione e autonomia scientifica acquisita durante lo sviluppo delle prove e del progetto, nell’esposizione e nell’interpretazione della letteratura scientifica e del contesto scientifico del progetto.