Studiare
In questa sezione è possibile reperire le informazioni riguardanti l'organizzazione pratica del corso, lo svolgimento delle attività didattiche, le opportunità formative e i contatti utili durante tutto il percorso di studi, fino al conseguimento del titolo finale.
Calendario accademico
Il calendario accademico riporta le scadenze, gli adempimenti e i periodi rilevanti per la componente studentesca, personale docente e personale dell'Università. Sono inoltre indicate le festività e le chiusure ufficiali dell'Ateneo.
L’anno accademico inizia il 1° ottobre e termina il 30 settembre dell'anno successivo.
Calendario didattico
Il calendario didattico indica i periodi di svolgimento delle attività formative, di sessioni d'esami, di laurea e di chiusura per le festività.
Periodo | Dal | Al |
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I semestre | 3-ott-2011 | 31-gen-2012 |
II semestre | 1-mar-2012 | 15-giu-2012 |
Sessione | Dal | Al |
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Sessione straordinaria | 1-feb-2012 | 29-feb-2012 |
Sessione estiva | 18-giu-2012 | 31-lug-2012 |
Sessione autunnale | 3-set-2012 | 28-set-2012 |
Sessione | Dal | Al |
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Sessione autunnale | 12-ott-2011 | 12-ott-2011 |
Sessione straordinaria | 15-dic-2011 | 15-dic-2011 |
Sessione invernale | 14-mar-2012 | 14-mar-2012 |
Sessione estiva | 18-lug-2012 | 18-lug-2012 |
Periodo | Dal | Al |
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Festa di Ognissanti | 1-nov-2011 | 1-nov-2011 |
Festa dell'Immacolata Concezione | 8-dic-2011 | 8-dic-2011 |
Vacanze Natalizie | 22-dic-2011 | 6-gen-2012 |
Vacanze Pasquali | 5-apr-2012 | 10-apr-2012 |
Festa della Liberazione | 25-apr-2012 | 25-apr-2012 |
Festa del Lavoro | 1-mag-2012 | 1-mag-2012 |
Festa del Patrono di Verona S. Zeno | 21-mag-2012 | 21-mag-2012 |
Festa della Repubblica | 2-giu-2012 | 2-giu-2012 |
Vacanze estive | 8-ago-2012 | 15-ago-2012 |
Calendario esami
Gli appelli d'esame sono gestiti dalla Unità Operativa Segreteria Corsi di Studio Scienze e Ingegneria.
Per consultazione e iscrizione agli appelli d'esame visita il sistema ESSE3.
Per problemi inerenti allo smarrimento della password di accesso ai servizi on-line si prega di rivolgersi al supporto informatico della Scuola o al servizio recupero credenziali
Docenti
Cecchi Franco
![FF DBT_UNIVR_WEBSITE, 12 giugno 2015](https://docs.univr.it/documenti//Persona/foto/foto780183.gif)
Fatone Francesco
![Foto, 9 aprile 2014](https://docs.univr.it/documenti//Persona/foto/foto271521.jpg)
Monaco Ugo Luigi
Spena Angelo
Ugolini Simone
![Foto personale, 18 luglio 2012](https://docs.univr.it/documenti//Persona/foto/foto606064.jpg)
Vallini Giovanni
Piano Didattico
Il piano didattico è l'elenco degli insegnamenti e delle altre attività formative che devono essere sostenute nel corso della propria carriera universitaria.
Selezionare il piano didattico in base all'anno accademico di iscrizione.
1° Anno
Insegnamenti | Crediti | TAF | SSD |
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2° Anno Attivato nell'A.A. 2012/2013
Insegnamenti | Crediti | TAF | SSD |
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3° Anno Attivato nell'A.A. 2013/2014
Insegnamenti | Crediti | TAF | SSD |
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Insegnamenti | Crediti | TAF | SSD |
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Insegnamenti | Crediti | TAF | SSD |
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Insegnamenti | Crediti | TAF | SSD |
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Legenda | Tipo Attività Formativa (TAF)
TAF (Tipologia Attività Formativa) Tutti gli insegnamenti e le attività sono classificate in diversi tipi di attività formativa, indicati da una lettera.
Bioinformatica e banche dati biologiche (2013/2014)
Codice insegnamento
4S02701
Crediti
6
Lingua di erogazione
Italiano
Settore Scientifico Disciplinare (SSD)
BIO/10 - BIOCHIMICA
L'insegnamento è organizzato come segue:
Teoria
Crediti
3
Periodo
II semestre
Docenti
Daniele Dell'Orco
Laboratorio
Crediti
3
Periodo
II semestre
Docenti
Daniele Dell'Orco
Obiettivi formativi
Il corso si propone di presentare allo studente le nozioni fondamentali della bioinformatica, fornendo le basi teoriche e applicative di algoritmi e programmi utilizzati nella ricerca e nell’analisi dei dati contenuti nelle principali banche dati biologiche di uso corrente. In particolare verranno appresi gli strumenti volti all’utilizzo dell’informazione in proteomica, genomica, biochimica, biologia molecolare e strutturale. Il corso prevede inoltre un’introduzione agli sviluppi più recenti della bioinformatica, quali l’analisi e la visualizzazione di dati strutturali relativi a macromolecole biologiche e loro complessi e la creazione di semplici modelli dinamici e statici di reti biomolecolari che avvicinerà lo studente all’emergente disciplina della systems biology.
Programma
Modulo di Teoria
- Principali proprietà strutturali di proteine e acidi nucleici in relazione all’evoluzione. Introduzione ai recenti sviluppi delle banche dati di interesse biologico e al loro utilizzo. Cenni ai programmi utilizzati in genomica funzionale, proteomica e genomica strutturale.
- Introduzione alle banche dati biomolecolari: Organizzazione e integrazione dell'informazione riguardante: a) sequenze di proteine e di acidi nucleici; b) strutture biomolecolari o di composti di interesse biologico; c) banche dati bibliografiche e specialistiche; recupero di informazione e ricerca per parole chiave combinate con operatori logici.
- Confronto di sequenze biologiche, matrici a punti, algoritmi statici e dinamici di allineamento; matrici di punteggio e sostituzione (PAM, BLOSUM)
- Algoritmi di allineamento; algoritmo di Needleman-Wunsch; algoritmo di Smith-Waterman; significatività statistica di un allineamento (z-score, valori di aspettativa e di probabilità). Allineamenti locali e BLAST
- Allineamenti multipli di sequenze: l'algoritmo ClustalW; cenni ad altri algoritmi; ricerca in banche dati con allineamenti multipli; PSI-BLAST
- Cenno alle analisi filogenetiche e agli alberi filogenetici
- Introduzione alla bioinformatica strutturale: macromolecole biologiche (proteine e acidi nucleici) e loro assemblati: introduzione alla grafica molecolare
- Cenni ai metodi per predire strutture secondarie partendo dalla sequenza e al confronto strutturale
- Introduzione alla systems biology: il sistema non come somma delle parti; modelli statici e modelli cinetici dinamici; cenni alle reti di trasduzione del segnale
Modulo di Laboratorio
- Introduzione all’ambiente Linux
- Introduzione ai database presso NCBI: l’interfaccia Entrez, Gene, Unigene, Protein. Uniprot e cenni di EBI srs.
- Allineamenti a coppie, matrici a punti e applicazione all’analisi di sequenze proteiche. Matrici di punteggio e metodi ottimali: strumenti online.
- BLAST, PSI-BLAST e BLAT: risorse online.
- Strumenti per gli allineamenti multipli, la banca dati Homologene e risorse online per il calcolo e la visualizzazione di allineamenti multipli.
- Strumenti per la filogenesi: Mobyle dell’Institut Pasteur e Phylogeny.fr
-Cenni ai programmi per Genome Browsing
- Visualizzazione e grafica molecolare: utilizzo di PyMol.
- Metodi per predire strutture secondarie e proteine, PSI-PRED, JPRED, database di famiglie strutturali
- Systems Biology: simulazione numerica di semplici reazioni biochimiche e della loro cinetica. Costruzione di semplici modelli cinetici e simulazione dell’evoluzione temporale con SBTOOLBOX2 per Matlab; applicazione: il ciclo di signaling delle proteine G
Modalità d'esame
Scritto, con due valutazioni separate per teoria e laboratorio che faranno media. In caso si superasse solo una delle due parti, la singola valutazione rimarrà valide solo per la sessione in corso e per la successiva. Ritentare una prova (ritirare il testo dell'esame) significa rinunciare alla eventuale valutazione precedente. E’ inoltre possibile presentare un database a scelta a gruppi di 3-4 studenti. Il punteggio delle presentazioni verra’ sommato a quello dell’esame scritto.
Tipologia di Attività formativa D e F
Insegnamenti non ancora inseriti
Prospettive
Avvisi degli insegnamenti e del corso di studio
Per la comunità studentesca
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Prova Finale
Per essere ammessi alla prova finale occorre avere conseguito tutti i crediti nelle attività formative previste dal piano degli studi. Alla prova finale sono riservati 3 CFU. La prova finale consiste nella discussione di un elaborato scritto, di non più di 25 cartelle, riguardante tematiche inerenti il percorso di studi, eventualmente affrontate nel corso del tirocinio sotto la guida di un Relatore. La relazione potrà essere redatta anche in lingua inglese ed una copia sarà trasferita alla Segreteria mediate apposita procedura telematica. Il docente referente e altri due docenti, costituiranno la Commissione di valutazione. I lavori della Commissione non sono regolati da convocazioni ufficiali e hanno luogo su accordo tra i quattro soggetti interessati.
La valutazione dell’elaborato sarà basata sui seguenti criteri: livello di approfondimento del lavoro svolto, impegno critico del laureando, accuratezza dello svolgimento. Alla fine della presentazione, i docenti stileranno una breve nota di valutazione con espressione di un voto sintetico. Questa nota sarà trasferita alla Segreteria competente, almeno 5 giorni prima della seduta di laurea, per la successiva formulazione del voto definitivo da parte della Commissione di laurea che procederà alla proclamazione. Il punteggio finale di Laurea è espresso in centodecimi con eventuale lode. Il punteggio minimo per il superamento dell’esame finale è di 66/110.
Il voto di ammissione è determinato rapportando la media degli esami di profitto ponderata sui crediti, a 110 e successivamente arrotondando il risultato all’intero più vicino. A parità di distanza, si arrotonda all’intero superiore.
Per la prova finale è previsto un incremento al massimo di 8/110 punti rispetto al voto di ammissione, di cui 4 punti riservati alla valutazione dell’esame di laurea e 4 punti riservati alla valutazione del curriculum dello studente. Nella valutazione del curriculum si tiene conto del tempo impiegato dallo studente per giungere alla laurea, del numero di lodi conseguite, e di eventuali esperienze all’estero.
Va attribuito un punto in più ai candidati che soddisfano i seguenti requisiti:
- laurea in corso
- media delle votazioni degli esami di almeno di 26/30.
L’attribuzione della lode, nel caso di un incremento che porti ad una votazione pari a 110/110, è a discrezione della commissione di esame e viene attribuita solo se il parere dei membri della commissione è unanime.
Elenco delle proposte di tesi
Proposte di tesi | Area di ricerca |
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Studio delle proprietà di luminescenza di lantanidi in matrici proteiche | Synthetic Chemistry and Materials: Materials synthesis, structure-properties relations, functional and advanced materials, molecular architecture, organic chemistry - Colloid chemistry |
Nanomateriali ibridi organici-inorganici multifunzionali per applicazioni in Biotecnologie e Chimica Verde | Synthetic Chemistry and Materials: Materials synthesis, structure-properties relations, functional and advanced materials, molecular architecture, organic chemistry - New materials: oxides, alloys, composite, organic-inorganic hybrid, nanoparticles |
Dinamiche della metilazione del DNA e loro contributo durante il processo di maturazione della bacca di vite. | Argomenti vari |
Il problema della donazione degli organi | Argomenti vari |
Risposte trascrittomiche a sollecitazioni ambientali in vite | Argomenti vari |
Studio delle basi genomico-funzionali del processo di embriogenesi somatica in vite | Argomenti vari |
Modalità e sedi di frequenza
Come riportato nel Regolamento Didattico, non è previsto un obbligo generalizzato di frequenza. I singoli docenti sono tuttavia liberi di richiedere un minimo di ore di frequenza per l’ammissibilità̀ all’esame di profitto dell’insegnamento di cui sono titolari. In tal caso il controllo della frequenza alle attività didattiche è stabilito secondo modalità preventivamente comunicate agli studenti.
È consentita l'iscrizione a tempo parziale. Per saperne di più consulta la pagina Possibilità di iscrizione Part time.
Le attività didattiche del corso di studi si svolgono negli spazi dell’area di Scienze e Ingegneria che è composta dagli edifici di Ca’ Vignal 1, Ca’ Vignal 2, Ca’ Vignal 3 e Piramide, siti nel polo di Borgo Roma, Villa Lebrecht e Villa Eugenia siti nel polo di San Floriano di Valpolicella.
Le lezioni frontali si tengono nelle aule di Ca’ Vignal 1, Ca’ Vignal 2, Ca’ Vignal 3 mentre le esercitazioni pratiche nei laboratori didattici dedicati alle varie attività.
Caratteristiche dei laboratori didattici a disposizione degli studenti
- Laboratorio Alfa
- 50 PC disposti in 13 file di tavoli
- 1 PC per docente collegato a un videoproiettore 8K Ultra Alta Definizione per le esercitazioni
- Configurazione PC: Intel Core i3-7100, 8GB RAM, 250GB SSD, monitor 24", Linux Ubuntu 22.04
- Tutti i PC sono accessibili da persone in sedia a rotelle
- Laboratorio Delta
- 120 PC in 15 file di tavoli
- 1 PC per docente collegato a due videoproiettori 4K per le esercitazioni
- Configurazione PC: Intel Core i3-7100, 8GB RAM, 250GB SSD, monitor 24", Linux Ubuntu 22.04
- Un PC è su un tavolo ad altezza variabile per garantire un accesso semplificato a persone in sedia a rotelle
- Laboratorio Gamma (Cyberfisico)
- 19 PC in 3 file di tavoli
- 1 PC per docente con videoproiettore 4K
- Configurazione PC: Intel Core i7-13700, 16GB RAM, 512GB SSD, monitor 24", Linux Ubuntu 22.04
- Laboratorio VirtualLab
- Accessibile via web: https://virtualab.univr.it
- Emula i PC dei laboratori Alfa/Delta/Gamma
- Usabile dalla rete universitaria o tramite VPN dall'esterno
- Permette agli studenti di lavorare da remoto (es. biblioteca, casa) con le stesse funzionalità dei PC di laboratorio
Caratteristiche comuni:
- Tutti i PC hanno la stessa suite di programmi usati negli insegnamenti di laboratorio
- Ogni studente ha uno spazio disco personale di XXX GB, accessibile da qualsiasi PC
- Gli studenti quindi possono usare qualsiasi PC in qualsiasi laboratorio senza limitazioni ritrovando sempre i documenti salvati precedentemente
Questa organizzazione dei laboratori offre flessibilità e continuità nel lavoro degli studenti, consentendo l'accesso ai propri documenti e all'ambiente di lavoro da qualsiasi postazione o da remoto.