Obiettivi formativi

OBIETTIVI
Il corso di Struttura e funzione dei genomi ha l'obiettivo di far acquisire allo studente conoscenze relative alla struttura dei genomi eucariotici e procariotici, e alle metodologie di analisi globale per lo studio di genomi e trascrittomi. Fornisce inoltre le informazioni relative alla replicazione ed evoluzione dei genomi, con particolare enfasi sui mecchanismi che ne regolano l’attività.


CONTENUTI
I progetti genoma: organizzazione e obiettivi del progetto genoma umano, genomi animali, vegetali e dei microrganismi. Mappatura, sequenziamento e assemblaggio dei genomi. Interpretazione delle sequenze genomiche e analisi globale dell’espressione genica. Anatomia dei genomi eucariotici, procariotici e virali. Funzionamento dei genomi e regolazione delle loro attività. Replicazione ed evoluzione dei genomi. Filogenetica molecolare

TESTI CONSIGLIATI:
GENOMI 3 T.A. Brown - EdiSes

Programma

Corso di Struttura e Funzione dei Genomi (LM7) mutuato con il corso di Genomica e Trascrittomica (LM9)
AA 2013-2014


Per la preparazione dell’esame, lo studente farà riferimento alle diapositive del corso, che contengono tutte le informazioni richieste per il brillante superamento dell’esame di Struttura e Funzione dei Genomi (LM7) e Genomica e Trascrittomica (LM9). Le diapositive sono disponibili al seguente indirizzo:
http://profs.sci.univr.it/delledonne/Insegnamenti/Index.html
Nella stessa pagina sono rese disponibili anche le dispense del corso di genomi e gli articoli scientifici, da considerarsi materiale integrativo per l’approfondimento degli argomenti trattati a lezione. Il campo della genomica evolve troppo rapidamente per essere affrontato con il sussidio di libri di testo

Programma del corso
1- Mappatura dei genomi
Mappe genetiche e fisiche
Marcatori molecolari
Gene tagging
Tail PCR
AIMS

2 - Metodologie di analisi del trascrittoma
cDNA
Northern blot
RT-PCR
Real Time RT PCR
Librerie cDNA
RACE (rapid amplification of cDNA ends)
Librerie sottrattive
Reverse Northern
Differential display / CDNA-AFLP
SAGE (Serial Analysis of Gene Expression)
EST e electronic northern
Microarray
RNA-Seq

3 - Epigenetica e regolazione dell’espressione genica
Metilazione del DNA
Modificazione degli istoni
Metodologie di analisi della metilazione del DNA

4 - Metodologie di analisi del genoma
Metodi di sequenziamento del DNA
Assemblaggio dei genomi
Localizzazione dei geni in una sequenza genomica
Determinazione della funzione dei singoli geni (in silico ed in vivo)
Forward and Reverse genetics
Genome wide association studies
Diagnostica molecolare (personal genomics)

5 - Struttura, funzione ed evoluzione dei genomi vegetali e animali
Il genoma di Arabidopsis e il progetto 1001 genomi
Il genoma umano (IHGC, Celera e Roche/454) e il progetto 1000 genomi
Venter e il progetto “minimal genome”
Il progetto ENCODE
L'interpretazione del genoma umano (Ingenuity, Knome etc.)


Libro di testo consigliato: Genomi 3 EdiSES ISBN 978 88 7959 431 8
Materiale supplementare disponibile sul sito internet del docente: http://profs.sci.univr.it/delledonne/Insegnamenti/Index.html

Modalità d'esame

Esame scritto con domande aperte