Obiettivi formativi

Questo corso fornisce un'introduzione alle moderne tecniche della biologia molecolare computazionale e al disegno razionale di proteine attraverso il PC. Gli argomenti trattati riguardano sopratutto le tecniche di simulazione di dinamica molecolare e concetti avanzati di bioinformatica strutturale.
Al termine dell’insegnamento lo studente dovrà dimostrare di essere in grado di
- capire in profondità un articolo scientifico in cui tecniche computazionali vengono utilizzati
- Introdurre (in silico) mutanti per modificare la struttura/funzione di una proteina
- Preparare il sistema e girare simulazioni di dinamica molecolare utilizzando programmi allo stato dell'arte

Programma

Parte A – Bioinformatica

− Bioinformatica strutturale avanzata.
- Basi termodinamiche della stabilità di strutture biomolecolari.
− Molecular basis of human perception


Part B – Modellizzazione Molecolare

− Nozioni basiche
− Campi di forza
- Simulazioni di dinamica molecolare: Gromacs
− Conformational analysis


Part C – Interazione delle proteine con i partner cellulari.

− Complessi proteina-pr, proteina-piccole molecole: Algoritmi e programmi principali.
− Progetto: Drug and/or protein design

Modalità d'esame

Scritto.
L'esame è diviso in una parte di presentazione di un articolo in cui vengono utilizzate tecniche allo stato dell'arte nel campo della biologia computazionale.
La seconda parte riguarda un esame scritto con domande aperte sugli argomenti trattati durante il corso.