Studiare
In questa sezione è possibile reperire le informazioni riguardanti l'organizzazione pratica del corso, lo svolgimento delle attività didattiche, le opportunità formative e i contatti utili durante tutto il percorso di studi, fino al conseguimento del titolo finale.
Calendario accademico
Il calendario accademico riporta le scadenze, gli adempimenti e i periodi rilevanti per la componente studentesca, personale docente e personale dell'Università. Sono inoltre indicate le festività e le chiusure ufficiali dell'Ateneo.
L’anno accademico inizia il 1° ottobre e termina il 30 settembre dell'anno successivo.
Calendario didattico
Il calendario didattico indica i periodi di svolgimento delle attività formative, di sessioni d'esami, di laurea e di chiusura per le festività.
| Periodo | Dal | Al |
|---|---|---|
| I sem. | 3-ott-2016 | 31-gen-2017 |
| II sem. | 1-mar-2017 | 9-giu-2017 |
| Sessione | Dal | Al |
|---|---|---|
| Sessione invernale Appelli d'esame | 1-feb-2017 | 28-feb-2017 |
| Sessione estiva Appelli d'esame | 12-giu-2017 | 31-lug-2017 |
| Sessione autunnale Appelli d'esame | 1-set-2017 | 29-set-2017 |
| Sessione | Dal | Al |
|---|---|---|
| Sessione estiva Appelli di Laurea | 14-lug-2017 | 14-lug-2017 |
| Sessione autunnale Appelli di laurea | 20-ott-2017 | 20-ott-2017 |
| Sessione invernale Appelli di laurea | 15-mar-2018 | 15-mar-2018 |
| Periodo | Dal | Al |
|---|---|---|
| Festa di Ognissanti | 1-nov-2016 | 1-nov-2016 |
| Festa dell'Immacolata Concezione | 8-dic-2016 | 8-dic-2016 |
| Vacanze di Natale | 23-dic-2016 | 8-gen-2017 |
| Vacanze di Pasqua | 14-apr-2017 | 18-apr-2017 |
| Anniversario della Liberazione | 25-apr-2017 | 25-apr-2017 |
| Festa del Lavoro | 1-mag-2017 | 1-mag-2017 |
| Festa della Repubblica | 2-giu-2017 | 2-giu-2017 |
| Vacanze estive | 8-ago-2017 | 20-ago-2017 |
Calendario esami
Gli appelli d'esame sono gestiti dalla Unità Operativa Segreteria Corsi di Studio Scienze e Ingegneria.
Per consultazione e iscrizione agli appelli d'esame visita il sistema ESSE3.
Per problemi inerenti allo smarrimento della password di accesso ai servizi on-line si prega di rivolgersi al supporto informatico della Scuola o al servizio recupero credenziali
Per dubbi o domande leggi le risposte alle domande più frequenti F.A.Q. Iscrizione Esami
Docenti
Monaco Ugo Luigi
hugo.monaco@univr.it 045 802 7903; Lab: 045 802 7907 - 045 802 7082
Piano Didattico
Il piano didattico è l'elenco degli insegnamenti e delle altre attività formative che devono essere sostenute nel corso della propria carriera universitaria.
Selezionare il piano didattico in base all'anno accademico di iscrizione.
| Insegnamenti | Crediti | TAF | SSD |
|---|
| Insegnamenti | Crediti | TAF | SSD |
|---|
1° Anno
| Insegnamenti | Crediti | TAF | SSD |
|---|
2° Anno
| Insegnamenti | Crediti | TAF | SSD |
|---|
Legenda | Tipo Attività Formativa (TAF)
TAF (Tipologia Attività Formativa) Tutti gli insegnamenti e le attività sono classificate in diversi tipi di attività formativa, indicati da una lettera.
Computational genomics (2016/2017)
Codice insegnamento
4S003667
Docente
Coordinatore
Crediti
6
Settore Scientifico Disciplinare (SSD)
BIO/18 - GENETICA
Lingua di erogazione
Inglese
Periodo
II sem. dal 1-mar-2017 al 9-giu-2017.
Obiettivi formativi
L’avvento delle nuove tecnologie di sequenziamento (Next Generation Sequencing, NGS) ha avuto un impatto enorme nella comprensione della complessità dei genomi da un punto di vista genomico, trascrittomico ed epigenetico, e ha fornito interessanti opportunità per lo sviluppo di risorse e programmi bioinformatici per l’analisi e la gestione dei dati. Il corso fornisce una panoramica generale dei metodi computazionali che fanno uso di dati NGS applicati nell’ambito della genomica , in particolare relativi alla genomica umana, come ad esempio l’allineamento di sequenze su un genoma di riferimento, il sequenziamento genomico, il risequenziamento e l’identificazione di varianti causative di malattie genetiche, l’analisi dei trascrittomi per l’identificazione dei geni differenzialmente espressi. Al termine dell’insegnamento lo studente dovrà essere in grado di:
conoscere i principali formati elettronici con cui vengono salvati i dati genomici
conoscere i differenti algoritmi utilizzati nell’ambito della genomica e le loro applicazioni
Preparare e gestire una pipeline di lavoro per l’analisi dei dati
Programma
1. Introduzione ai dati di sequenziamento di nuova generazione (NGS)
a. Bias ed errori di sequenziamento della tecnologia illumin
b. Formato FastQ
c. Verifica della qualità delle sequenze
d. Preprocessamento delle sequenze
2. Panoramica dei metodi di assemblaggio dei genomi
a. Overlap-layout-consensus
b. Debrujin graph
c. Verifica qualitò assemblaggio
3. Allineamento dei dati NGS su un genoma di riferimento
a. Programmazione dinamica
b. Metodi euristici
c. Formato SAM/BAM
4. Risequenziamento e chiamata delle varianti
a. Identificazione di varianti germinali
b. Identificazione di varianti somatiche
c. Metodi bioinformatici per l’identificazione delle varianti strutturali
d. Formato file VCF e gVCF
5. Metodi computazionali per la prioritizzazione di geni candidati
6. Analisi di dati di epigenetica
7. Analisi di dati di trascrittomica e RNA-seq
a. Allineamento di sequenze di RNA-seq
b. Ricostruzione dei trascritti (genome-guided / denovo)
c. Quantificazione genica
d. Normalizzazione dei dati
e. Identificazione dei geni differenzialmente espressi
f. Analisi di arricchimento
8. Laboratorio di Bioinformatica
a. Introduzione alla bash ed al sistemaoperativo linux
b. Uso del programma FastQC
c. messa a punto di una pipiline per il preprocessing delle sequenze
d. allineamento delle sequenze con bowtie2
e. gestione dei file SAM/BAM
Modalità d'esame
L’esame è scritto con sei domande aperte. Le domande vertono sugli argomenti trattati durante il corso
Tipologia di Attività formativa D e F
Insegnamenti non ancora inseriti
Prospettive
Avvisi degli insegnamenti e del corso di studio
Per la comunità studentesca
Se sei già iscritta/o a un corso di studio, puoi consultare tutti gli avvisi relativi al tuo corso di studi nella tua area riservata MyUnivr.
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Prova Finale
Students earn the Master’s degree in Molecular and Medical Biotechnology after successfully completing the final examination, for which students are required to write a dissertation in English, to be presented in front of a Graduation Committee. By writing the dissertation, students will have the opportunity to demonstrate the knowledge and skills acquired. The dissertation shall be an experimental research work on a specific topic, to be carried out in university research laboratories, or in public or private institutes recognised in the biotechnology sector.
The dissertation shall be written by the student under the guidance of a Supervisor. In order to be admitted to the final examination, the student must have acquired all CFU credits in the training activities included in the Study Plan, except those specifically awarded upon completion of the dissertation.
The Graduation Committee shall evaluate each candidate, based on their achievements throughout the entire degree programme, carefully assessing the degree of consistency between educational and professional objectives, as well as their ability for independent intellectual elaboration, critical thinking, communication skills and general cultural maturity, in relation to the objectives of the programme. 40 CFU are awarded upon completion of the Master’s degree dissertation, which can be presented either in English or in Italian. Master’s degree dissertations can be either internal (written at the University or Verona) or in collaboration with an external institution/body.
For each dissertation, a Dissertation Committee shall be established: this will include one Supervisor, one or more co-supervisors (optional), and two examiners. Any professors belonging to the departments included in the areas of Science and Engineering and Life and Health Sciences of the University of Verona may act as Supervisor.
Researchers from external research institutes, research grant holders, post-doctoral fellowship holders and PhD students may act as cosupervisors.
The examiners, who must be professors in the degree programmes of the University in Biotechnology, Medicine and Surgery, or Molecular and Medical Biotechnology, shall be appointed by the 8 Graduation Committee at least 25 days before the final examination, once the student's eligibility to take the final examination has been verified.
Evaluation of the dissertation Students will be given about 30 minutes to present their dissertation.
The Dissertation Committee will evaluate the work based on the following criteria: 1) level of in-depth analysis in relation to the most recent developments in the Molecular and Medical Biotechnologies areas; 2) scientific and/or technological outcomes of the dissertation; 3) student’s critical thinking; 4) student’s experimental development; 5) student’s ability to carry out independent work (this point will not be assessed by the examiners); 6) value of the methodologies used; 7) accuracy in planning and writing the dissertation; 8) communication skills in presenting the dissertation.
Graduation mark The graduation mark (based on a 110-point scale) is a whole value between 66/110 and 110/110 and is calculated by adding together the following elements (then rounding the result to the nearest whole number, e.g. 93.50 => 94; 86.49 => 86): 1) the average of the marks gained in the modules, weighted according to CFU, converted to a 110-point scale; 2) evaluation of the dissertation and the oral presentation during the final examination, based on the following methods: a) a maximum of 11 points will be awarded for the presentation and the dissertation. These will count as follows: 8 points awarded by the Dissertation Committee, which will evaluate the dissertation and presentation by assigning each of the points 1-8 listed above a coefficient between 0 and 1 (fractional coefficient with one decimal place); b) 3 points will be awarded by the Dissertation Committee by unanimous decision, based on the student’s curriculum vitae.
Specifically, in order to award the final mark, the Committee will take into account the following: any cum laude honours obtained in the exams taken during the degree programme; participation in internships officially recognised by the University; elective modules; and the achievement of the degree in a time that is shorter than the normal duration of the degree programme.
Students who are awarded less than 11 points for their dissertation may be awarded an extra point, at the discretion of the Graduation Committee, if they have taken part in international mobility programmes.
c) the sum of the points resulting from (a) and (b).
If the resulting score is 110/110 or above, the Graduation Committee may decide to award cum laude honours, in which case the student 9 must have: · a minimum weighted average mark of 104/110 (without rounding up) or · a minimum weighted average mark of 102/110 (without rounding up) and must have been awarded cum laude honours in at least 3 modules during the degree programme. Under the current legislation, cum laude honours are conferred by unanimous decision of the committee.
External dissertations An external dissertation is a work carried out in collaboration with an institution/body other than the University of Verona. In this case, the topic of the dissertation must be agreed in advance with a Supervisor from the LM-9 degree programme. In addition, the student must indicate at least one co-supervisor belonging to the external institution/body, who will support the student during the work on the dissertation. The Supervisor and the co-supervisors must be indicated in the online graduation application.
The scientific outcomes of the dissertation will be available to all parties involved. In particular, the contents and results of the dissertation are to be considered public
Elenco delle proposte di tesi e stage
| Proposte di tesi | Area di ricerca |
|---|---|
| Studio delle proprietà di luminescenza di lantanidi in matrici proteiche | Synthetic Chemistry and Materials: Materials synthesis, structure-properties relations, functional and advanced materials, molecular architecture, organic chemistry - Colloid chemistry |
| Stampa 3D di nanocompositi polimerici luminescenti per applicazioni in Nanomedicina | Synthetic Chemistry and Materials: Materials synthesis, structure-properties relations, functional and advanced materials, molecular architecture, organic chemistry - New materials: oxides, alloys, composite, organic-inorganic hybrid, nanoparticles |
| 3D-bioprinting biofabrication laboratory | Argomenti vari |
| Organ on-a-chip | Argomenti vari |
Modalità di frequenza
Come riportato al punto 25 del Regolamento Didattico per l'A.A. 2021/2022, non è previsto un obbligo generalizzato di frequenza. I singoli docenti sono tuttavia liberi di richiedere un minimo di ore di frequenza per l’ammissibilità̀ all’esame di profitto dell’insegnamento di cui sono titolari. In tal caso il controllo della frequenza alle attività didattiche è stabilito secondo modalità preventivamente comunicate agli studenti.Per le modalità di erogazione della didattica, si rimanda alle informazioni in costante aggiornamento dell'Unità di Crisi.
Area riservata studenti
Gestione carriere
Ulteriori servizi
I servizi e le attività di orientamento sono pensati per fornire alle future matricole gli strumenti e le informazioni che consentano loro di compiere una scelta consapevole del corso di studi universitario.