Studiare
In questa sezione è possibile reperire le informazioni riguardanti l'organizzazione pratica del corso, lo svolgimento delle attività didattiche, le opportunità formative e i contatti utili durante tutto il percorso di studi, fino al conseguimento del titolo finale.
Calendario accademico
Il calendario accademico riporta le scadenze, gli adempimenti e i periodi rilevanti per la componente studentesca, personale docente e personale dell'Università. Sono inoltre indicate le festività e le chiusure ufficiali dell'Ateneo.
L’anno accademico inizia il 1° ottobre e termina il 30 settembre dell'anno successivo.
Calendario didattico
Il calendario didattico indica i periodi di svolgimento delle attività formative, di sessioni d'esami, di laurea e di chiusura per le festività.
| Periodo | Dal | Al |
|---|---|---|
| I semestre | 1-ott-2020 | 29-gen-2021 |
| II semestre | 1-mar-2021 | 11-giu-2021 |
| Sessione | Dal | Al |
|---|---|---|
| Sessione invernale d'esame | 1-feb-2021 | 26-feb-2021 |
| Sessione estiva d'esame | 14-giu-2021 | 30-lug-2021 |
| Sessione autunnale d'esame | 1-set-2021 | 30-set-2021 |
| Sessione | Dal | Al |
|---|---|---|
| Sessione estiva di laurea | 13-lug-2021 | 13-lug-2021 |
| Sessione autunnale di laurea | 12-ott-2021 | 12-ott-2021 |
| Sessione invernale di laurea | 10-mar-2022 | 10-mar-2022 |
| Periodo | Dal | Al |
|---|---|---|
| Festa dell'Immacolata | 8-dic-2020 | 8-dic-2020 |
| Vacanze Natalizie | 24-dic-2020 | 3-gen-2021 |
| Epifania | 6-gen-2021 | 6-gen-2021 |
| Vacanze Pasquali | 2-apr-2021 | 5-apr-2021 |
| Festa del Santo Patrono | 21-mag-2021 | 21-mag-2021 |
| Festa della Repubblica | 2-giu-2021 | 2-giu-2021 |
| Vacanze estive | 9-ago-2021 | 15-ago-2021 |
Calendario esami
Gli appelli d'esame sono gestiti dalla Unità Operativa Segreteria Corsi di Studio Scienze e Ingegneria.
Per consultazione e iscrizione agli appelli d'esame visita il sistema ESSE3.
Per problemi inerenti allo smarrimento della password di accesso ai servizi on-line si prega di rivolgersi al supporto informatico della Scuola o al servizio recupero credenziali
Per dubbi o domande leggi le risposte alle domande più frequenti F.A.Q. Iscrizione Esami
Docenti
alessandramaria.bossi@univr.it
045 802 7946 (Studio) - 045 802 7833 (Laboratorio)
bernardo.calabrese@univr.it
vittoria.cozza@univr.it
Piano Didattico
Il piano didattico è l'elenco degli insegnamenti e delle altre attività formative che devono essere sostenute nel corso della propria carriera universitaria.
Selezionare il piano didattico in base all'anno accademico di iscrizione.
| Insegnamenti | Crediti | TAF | SSD |
|---|
| Insegnamenti | Crediti | TAF | SSD |
|---|
1° Anno
| Insegnamenti | Crediti | TAF | SSD |
|---|
2° Anno Attivato nell'A.A. 2021/2022
| Insegnamenti | Crediti | TAF | SSD |
|---|
| Insegnamenti | Crediti | TAF | SSD |
|---|
Legenda | Tipo Attività Formativa (TAF)
TAF (Tipologia Attività Formativa) Tutti gli insegnamenti e le attività sono classificate in diversi tipi di attività formativa, indicati da una lettera.
Bioinformatica (2020/2021)
Codice insegnamento
4S00183
Docente
Coordinatore
Crediti
6
Offerto anche nei corsi:
- Bioinformatica del corso Laurea magistrale in Biotecnologie agro-alimentari
Lingua di erogazione
Italiano
Settore Scientifico Disciplinare (SSD)
BIO/11 - BIOLOGIA MOLECOLARE
Periodo
I semestre dal 1-ott-2020 al 29-gen-2021.
Obiettivi formativi
Nel corso dell’ultimo decennio l’avanzamento tecnologico relativo alle tecnologie di sequenziamento (Next Generation Sequencing, NGS) ha avuto un impatto enorme nella comprensione della complessità dei genomi e ha fornito interessanti opportunità per lo sviluppo di risorse e programmi bioinformatici per l’analisi e la gestione dei dati.
Il corso intende fornire una panoramica generale relativa ai diversi metodi computazionali applicati nell’ambito dell’NGS e delle scienze omiche. Queste nuove tecnologie, che hanno permesso di passare da un approccio riduzionista ad uno olistico, hanno infatti reso necessario lo sviluppo di nuovi metodi fortemente interdisciplinari per l’interpretazione ed integrazione dei dati. Il corso si prefigge di fornire allo studente le basi e gli strumenti bioinformatici per l’interpretazione ed integrazione di diversi dati omici applicati allo studio dei genomi, dell’espressione e regolazione genica e dei dati di metagenomica per l’analisi e la caratterizzazione delle comunità microbiche. Il corso prevede anche una parte svolta in laboratorio di informatica in cui saranno illustrati i programmi computazionali necessari per la manipolazione e l’interpretazione dei dati biologici.
Programma
1. Introduzione ai dati di sequenziamento di nuova generazione (NGS)
a. Bias ed errori di sequenziamento della tecnologia illumina
b. Formato FastQ
c. Verifica della qualità delle sequenze
d. Pre-processamento delle sequenze
2. Allineamento dei dati NGS su un genoma di riferimento
a. Allineamento di sequenze genomiche e di rna-seq
b. Formato SAM/BAM
3. Analisi di dati di trascrittomica e RNA-seq
a. Ricostruzione dei trascritti (genome-guided / denovo)
b. Quantificazione genica
c. Normalizzazione dei dati
d. Identificazione dei geni differenzialmente espressi
4. Analisi di genomi
a. Assemblaggio di genomi
b. Risequenziamento e identificazione di varianti
c. Varianti strutturali
d. Formato file VCF e gVCF
5. Metodi computazionali per l’analisi dei dati di metagenomica
a. Metabarcoding
b. Whole Metagenome Sequencing
c. Assegnazione tassonomica
d. Metriche per l’analisi della complessità microbica (alpha e beta diversity)
6. Introduzione alla system biology e integrazione dei dati omici
Modalità d'esame
L'esame consiste in una verifica scritta del livello di conoscenze acquisite relativo agli argomenti trattati nel corso. La verifica consiste in 6 domande aperte. Lo studente dovrà dimostrare di aver compreso il funzionamento e l'applicazione dei principali programmi e approcci bioinformatici spiegati a lezione.
Tipologia di Attività formativa D e F
Le attività formative in ambito D o F comprendono gli insegnamenti impartiti presso l'Università di Verona o periodi di stage/tirocinio professionale.
Nella scelta delle attività di tipo D, gli studenti dovranno tener presente che in sede di approvazione si terrà conto della coerenza delle loro scelte con il progetto formativo del loro piano di studio e dell'adeguatezza delle motivazioni eventualmente fornite.
| anni | Insegnamenti | TAF | Docente |
|---|---|---|---|
| 1° 2° | Linguaggio programmazione Python | D |
Vittoria Cozza
(Coordinatore)
|
Prospettive
Avvisi degli insegnamenti e del corso di studio
Per la comunità studentesca
Se sei già iscritta/o a un corso di studio, puoi consultare tutti gli avvisi relativi al tuo corso di studi nella tua area riservata MyUnivr.
In questo portale potrai visualizzare informazioni, risorse e servizi utili che riguardano la tua carriera universitaria (libretto online, gestione della carriera Esse3, corsi e-learning, email istituzionale, modulistica di segreteria, procedure amministrative, ecc.).
Entra in MyUnivr con le tue credenziali GIA: solo così potrai ricevere notifica di tutti gli avvisi dei tuoi docenti e della tua segreteria via mail e a breve anche tramite l'app Univr.
Ulteriori servizi
I servizi e le attività di orientamento sono pensati per fornire alle future matricole gli strumenti e le informazioni che consentano loro di compiere una scelta consapevole del corso di studi universitario.
Prova finale
Scadenziari e adempimenti amministrativi
Per gli scadenziari, gli adempimenti amministrativi e gli avvisi sulle sessioni di laurea, si rimanda al servizio Sessioni di laurea - Scienze e Ingegneria.
Necessità di attivare un tirocinio per tesi
Per stage finalizzati alla stesura della tesi di laurea, non è sempre necessaria l'attivazione di un tirocinio tramite l'Ufficio Stage. Per maggiori informazioni, consultare il documento dedicato, che si trova nella sezione "Documenti" del servizio dedicato agli stage e ai tirocini.
Regolamento della prova finale
La tesi di laurea può essere redatta e discussa dallo studente in lingua italiana o inglese. Nell'elaborato il laureando metterà in evidenza le esperienze acquisite ed il lavoro di ricerca sperimentale svolto su una tematica specifica presso laboratori di ricerca universitari, nazionali o internazionali, oppure presso qualificate istituzioni o enti pubblici o privati del settore biotecnologico, per un periodo non inferiore agli 8 mesi. L'elaborato sarà preparato dallo studente sotto la supervisione di un docente-relatore., eventualmente affiancato da uno o più correlatori. La Commissione di Valutazione è costituita da un Relatore e due Controrelatori. Può rivestire il ruolo di relatore di tesi ogni docente del Corso di Laurea, o altro docente afferente al Dipartimento di Biotecnologie, o altro docente dell’ Ateneo, in quest’ultimo caso previa autorizzazione del Collegio Didattico possono svolgere il ruolo di Correlatori i ricercatori operanti in Istituti di ricerca extrauniversitari, assegnisti di ricerca, titolari di borsa di studio post-dottorato, dottorandi di ricerca. I Controrelatori devono essere docenti dell'Area di Scienze ed Ingegneria. Sono nominati dalla Commissione Didattica almeno 25 giorni prima della discussione della tesi di laurea, verificata l’ammissibilità dello studente a sostenere la prova finale.
Valutazione della tesi di laurea
Per ogni presentazione sono a disposizione circa 30 minuti più la discussione. I criteri su cui è chiamata ad esprimersi la Commissione di Valutazione sono i seguenti: 1. livello di approfondimento del lavoro svolto, in relazione allo stato dell’arte dei settori disciplinari di pertinenza alle Biotecnologie Industriali; 2. avanzamento conoscitivo e/o tecnologico apportato dalla tesi; 3. impegno critico espresso dal laureando; 4. impegno sperimentale espresso dal laureando; 5. autonomia di lavoro espressa dal laureando; 6. significatività delle metodologie impiegate; 7. accuratezza nell’impostazione e nella stesura della tesi; 8. chiarezza espositiva. I Controrelatori non sono chiamati ad esprimersi sul punto 5.
I lavori della Commissione di Valutazione non sono regolati da convocazioni ufficiali e hanno luogo su accordo tra i soggetti interessati entro i 15 giorni precedenti la seduta di Laurea, nella quale si procederà alla sola proclamazione. Alla fine della presentazione, la Commissione di Valutazione stilerà una breve nota di valutazione con espressione di un voto sintetico (da 0 a 8). Questa nota sarà trasferita alla Segreteria di Corso di Laurea, entro il giorno precedente la seduta di laurea, per la successiva formulazione del voto definitivo da parte della Commissione di Laurea che procederà alla proclamazione.
Voto di laurea
Il voto di Laurea è espresso in centodecimi ed è un valore intero compreso tra 66/110 e 110/110. ll voto viene formato dalla somma, arrotondata al numero intero più vicino (es. 93.50 diventa 94 mentre 93.49 diventa 93), dei seguenti addendi: 1) media pesata sui crediti e rapportata a 110 dei voti conseguiti negli esami di profitto; 2) valutazione del colloquio di Laurea e della Tesi. Al colloquio di Laurea e alla Tesi sono attribuiti al massimo 11 punti. Essi saranno così distribuiti: a) 8 punti alla Commissione di Valutazione che valuterà il colloquio di Laurea e la Tesi secondo le seguenti modalità: attribuzione di un coefficiente compreso tra 0 e 1 (frazionario con una cifra decimale) per ciascuno dei punti 1-8 elencati sopra; b) 3 punti alla Commissione di Laurea che si esprime in modo assembleare. La commissione di Laurea attribuirà i punti in base alla valutazione del curriculum del laureando. In particolare: la presenza di eventuali lodi ottenute negli esami sostenuti, la partecipazione a stage ufficialmente riconosciuti dall’ ateneo, il superamento di esami in soprannumero ed il raggiungimento della Laurea in tempi contenuti rispetto alla durata normale del corso degli studi possono essere utilizzati dalla Commissione per l’attribuzione del punteggio. ll candidato che ottiene meno di 11 punti per la tesi può eventualmente avere un punto in più per la partecipazione ai programmi Socrates/Erasmus o affini, a discrezione della Commissione di laurea. c) somma del punteggio derivante da a) e b). Qualora la somma finale raggiunga 110/110, la Commissione di Laurea può decidere l’attribuzione della lode. Nel caso della proposta di laurea con lode lo studente deve avere una media ponderata minima di 104/110 (senza arrotondamenti) oppure una media ponderata minima di 102/110 (senza arrotondamenti) e aver conseguito almeno n. 3 lodi. In base alle norme vigenti, la lode viene attribuita solo se il parere della Commissione di Laurea è unanime.
Tesi di laurea esterne
Una tesi di laurea esterna viene svolta in collaborazione con un Ente diverso dall’ Università di Verona. In tal caso, il laureando dovrà preventivamente concordare il tema della tesi di laurea con un relatore del CdS LM8. E’ previsto almeno un Correlatore appartenente all’ente esterno, quale riferimento immediato per lo studente nel corso dello svolgimento della attività di tesi. Relatore e Correlatori devono essere indicati nella domanda di assegnazione della tesi di laurea. I risultati contenuti nella tesi di laurea sono patrimonio in comunione di tutte le persone ed Enti coinvolti.
Elenco delle proposte di tesi e stage
| Proposte di tesi | Area di ricerca |
|---|---|
| Valutazione dell'applicazione di nanoparticelle biogeniche per il controllo del cancro batterico del kiwi | AGRICULTURE - AGRICULTURE |
| Valutazione dell'applicazione di nanoparticelle biogeniche per il controllo del cancro batterico del kiwi | APPLICATIONS OF LIFE SCIENCES - APPLICATIONS OF LIFE SCIENCES |
| Valorizzazione di scarti agroindustriali mediante fermentazione termofila per la produzione di acidi organici come precursori chimici di polimeri | Applied biotechnology (non-medical), bioreactors, applied microbiology - Applied biotechnology (non-medical), bioreactors, applied microbiology |
| Valutazione dell'applicazione di nanoparticelle biogeniche per il controllo del cancro batterico del kiwi | Applied biotechnology (non-medical), bioreactors, applied microbiology - Applied biotechnology (non-medical), bioreactors, applied microbiology |
| Immobilizzazione di enzimi d’interesse industriale su nanoparticelle biomimetiche magnetiche | Applied Life Sciences and Non-Medical Biotechnology: Applied plant and animal sciences; food sciences; forestry; industrial, environmental and non-medical biotechnologies, nanobiotechnology, bioengineering; synthetic and chemical biology; biomimetics; bioremediation - Biomimetics |
| Immobilizzazione di enzimi d’interesse industriale su nanoparticelle biomimetiche magnetiche | Applied Life Sciences and Non-Medical Biotechnology: Applied plant and animal sciences; food sciences; forestry; industrial, environmental and non-medical biotechnologies, nanobiotechnology, bioengineering; synthetic and chemical biology; biomimetics; bioremediation - Non-medical biotechnology and genetic engineering (including transgenic organisms, recombinant proteins, biosensors, bioreactors, microbiology) |
| Immobilizzazione di enzimi d’interesse industriale su nanoparticelle biomimetiche magnetiche | Chemical engineering, technical chemistry - Chemical engineering, technical chemistry |
| Effetto delle condizioni operative applicate al processo di digestione anaerobica su produzione di biogas e stabilità del carbonio organico del digestato | Earth System Science: Physical geography, geology, geophysics, atmospheric sciences, oceanography, climatology, cryology, ecology, global environmental change, biogeochemical cycles, natural resources management - Biogeochemistry, biogeochemical cycles, environmental chemistry |
| Influenza dalla variazione stagionale del feedstock sulla produzione di biogas e sulla stabilità del carbonio organico presente nel digestato prodotto | Earth System Science: Physical geography, geology, geophysics, atmospheric sciences, oceanography, climatology, cryology, ecology, global environmental change, biogeochemical cycles, natural resources management - Biogeochemistry, biogeochemical cycles, environmental chemistry |
| Uso di digestato in suoli agrari e mitigazione del cambiamento climatico | Earth System Science: Physical geography, geology, geophysics, atmospheric sciences, oceanography, climatology, cryology, ecology, global environmental change, biogeochemical cycles, natural resources management - Biogeochemistry, biogeochemical cycles, environmental chemistry |
| Caratterizzazione dei pool di sostanza organica da substrati a base di simulanti di regoliti marziane | Earth System Science: Physical geography, geology, geophysics, atmospheric sciences, oceanography, climatology, cryology, ecology, global environmental change, biogeochemical cycles, natural resources management - Sedimentology, soil science, palaeontology, earth evolution |
| Uso di digestato in suoli agrari e mitigazione del cambiamento climatico | Earth System Science: Physical geography, geology, geophysics, atmospheric sciences, oceanography, climatology, cryology, ecology, global environmental change, biogeochemical cycles, natural resources management - Sedimentology, soil science, palaeontology, earth evolution |
| Valorizzazione di scarti agroindustriali mediante fermentazione termofila per la produzione di acidi organici come precursori chimici di polimeri | Environmental biotechnology, bioremediation, biodegradation - Environmental biotechnology, bioremediation, biodegradation |
| Bilanci di massa e di materia in digestori anaerobici alimentati con residui agricoli e zootecnici. | Products and Processes Engineering: Product design, process design and control, construction methods, civil engineering, energy processes, material engineering - Chemical engineering, technical chemistry |
| Studio della composizione chimica e della stabilità termica di poliidrossialcanoati ottenuti da diverse matrici ambientali. | Products and Processes Engineering: Product design, process design and control, construction methods, civil engineering, energy processes, material engineering - Chemical engineering, technical chemistry |
| Valorizzazione di scarti agroindustriali mediante fermentazione termofila per la produzione di acidi organici come precursori chimici di polimeri | Products and Processes Engineering: Product design, process design and control, construction methods, civil engineering, energy processes, material engineering - Chemical engineering, technical chemistry |
| Immobilizzazione di enzimi d’interesse industriale su nanoparticelle biomimetiche magnetiche | Products and Processes Engineering: Product design, process design and control, construction methods, civil engineering, energy processes, material engineering - Materials engineering (metals, ceramics, polymers, composites, etc.) |
| Valorizzazione di scarti agroindustriali mediante fermentazione termofila per la produzione di acidi organici come precursori chimici di polimeri | Products and Processes Engineering: Product design, process design and control, construction methods, civil engineering, energy processes, material engineering - Production technology, process engineering |
| Studio delle proprietà di luminescenza di lantanidi in matrici proteiche | Synthetic Chemistry and Materials: Materials synthesis, structure-properties relations, functional and advanced materials, molecular architecture, organic chemistry - Colloid chemistry |
| Nanomateriali ibridi organici-inorganici multifunzionali per applicazioni in Biotecnologie e Chimica Verde | Synthetic Chemistry and Materials: Materials synthesis, structure-properties relations, functional and advanced materials, molecular architecture, organic chemistry - New materials: oxides, alloys, composite, organic-inorganic hybrid, nanoparticles |
| Stampa 3D di nanocompositi polimerici luminescenti per applicazioni in Nanomedicina | Synthetic Chemistry and Materials: Materials synthesis, structure-properties relations, functional and advanced materials, molecular architecture, organic chemistry - New materials: oxides, alloys, composite, organic-inorganic hybrid, nanoparticles |
Erasmus+ e altre esperienze all’estero
Modalità di frequenza
Come riportato nel Regolamento Didattico per l'A.A. 2022/2023, non è previsto un obbligo generalizzato di frequenza. I singoli docenti sono tuttavia liberi di richiedere un minimo di ore di frequenza per l’ammissibilità̀ all’esame di profitto dell’insegnamento di cui sono titolari. In tal caso il controllo della frequenza alle attività didattiche è stabilito secondo modalità preventivamente comunicate agli studenti.
Per le modalità di erogazione della didattica, si rimanda alle informazioni in costante aggiornamento dell'Unità di Crisi.
