Studiare
In questa sezione è possibile reperire le informazioni riguardanti l'organizzazione pratica del corso, lo svolgimento delle attività didattiche, le opportunità formative e i contatti utili durante tutto il percorso di studi, fino al conseguimento del titolo finale.
Piano Didattico
Queste informazioni sono destinate esclusivamente agli studenti e alle studentesse già iscritti a questo corso.Se sei un nuovo studente interessato all'immatricolazione, trovi le informazioni sul percorso di studi alla pagina del corso:
Laurea magistrale in Biotecnologie per le biorisorse e lo sviluppo ecosostenibile - Immatricolazione dal 2025/2026Il piano didattico è l'elenco degli insegnamenti e delle altre attività formative che devono essere sostenute nel corso della propria carriera universitaria.
Selezionare il piano didattico in base all'anno accademico di iscrizione.
1° Anno
Insegnamenti | Crediti | TAF | SSD |
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Un insegnamento a scelta
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2° Anno Attivato nell'A.A. 2021/2022
Insegnamenti | Crediti | TAF | SSD |
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Insegnamenti | Crediti | TAF | SSD |
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Legenda | Tipo Attività Formativa (TAF)
TAF (Tipologia Attività Formativa) Tutti gli insegnamenti e le attività sono classificate in diversi tipi di attività formativa, indicati da una lettera.
Genomica e metagenomica per le biorisorse (2020/2021)
Codice insegnamento
4S008291
Docente
Coordinatore
Crediti
6
Offerto anche nei corsi:
- Genomica del corso Laurea magistrale in Biotecnologie agro-alimentari [LM-7]
Lingua di erogazione
Italiano
Settore Scientifico Disciplinare (SSD)
BIO/18 - GENETICA
Periodo
I semestre dal 1 ott 2020 al 29 gen 2021.
Obiettivi formativi
Il corso ha l’obiettivo di far acquisire allo studente conoscenze relative alla struttura e funzione dei genomi eucariotici e procariotici, inclusi gli organismi di interesse per le biotrasformazioni. Il corso approfondirà inoltre alcune metodiche per l'analisi del genoma, tra cui gli approcci di metagenomica necessari a caratterizzare la composizione dei i microrganismi coinvolti nei bioprocessi (naturali o indotti) ed i geni che li caratterizzano.
Programma
LE LEZIONI VERRANNO EROGATE IN MODALITA' DUALE.
TUTTO IL MATERIALE DIDATTICO E LE REGISTRAZIONI DELLE LEZIONI VERRANNO MESSE A DISPOSIZIONE NELLA PIATTAFORMA MOODLE DEL CORSO.
Parte 1. CARATTERIZZAZIONE STRUTTURALE DEI GENOMI
A) L’anatomia dei genomi
- Organizzazione strutturale e genetica dei genomi procariotici e degli organelli eucariotici
- Organizzazione strutturale e genetica dei genomi eucariotici
- Geni codificanti e non codificanti
- Elementi ripetuti
- Pseudogeni
- Il pangenoma batterico e delle piante
B) Metodi per l’analisi strutturale dei genomi
- Sequenziamento di prima generazione
- Metodi di sequenziamento di seconda generazione
- Metodi di sequenziamento di terza generazione
- Metodi per la generazione di mappe fisiche e genetiche
- Introduzione ai marcatori molecolari e ai metodi per la loro analisi
- Sequenziamento basato su linked-reads
C) Approcci per lo studio e la ricostruzione dei genomi
- Assemblaggio de-novo:
- approccio gerarchico
- approccio shot-gun
- approccio ibrido
- Analisi comparative:
- assemblaggio reference-based
- risequenziamento
D) Progetti Genoma
Gli studenti svolgeranno attivamente l’analisi, la presentazione e discussione di articoli originali relativi a progetti di sequenziamento del genoma di organismi che costituiscono delle biorisorse.
Parte 2. CARATTERIZZAZIONE FUNZIONALE DEI GENOMI
A) Il trascrittoma
- Componenti del trascrittoma
- Classi e funzioni di long e small non-coding RNA
B) Metodi per l’analisi del trascrittoma
- Analisi del trascrittoma mediante sequenziamento di seconda generazione
- Analisi del trascrittoma mediante sequenziamento di terza generazione
- Analisi dei microRNA (metodi basati su PCR e sequenziamento)
C) Annotazione dei genomi
- Predizione genica ab initio
- Annotazione guidata da evidenze sperimentali
- Annotazione basata sull’analisi di sintenia
- Browsers genomici
- Annotazione funzionale in-silico
D) L’epigenoma
- Organizzazione del DNA nel nucleo e struttura della cromatina
- Introduzione ai marcatori epigenetici (modificazioni istoniche e metilazione del DNA)
E) Metodi per l'analisi dell’epigenoma
- Analisi della conformazione della cromatina
- Analisi dell’interazione DNA-proteine
- Analisi dei marcatori istonici
- Analisi della metilazione
Parte 3. METAGENOMICA
A) Metodi di analisi metagenomica
- Sequence-based metagenomics vs functional metagenomics
- Barcode a DNA e Metabarcoding
- Metagenomica Whole Genome Shot-gun
- Metagenomica shot-gun mediante HiC, linked-reads e read lunghe
- Meta-trascrittomica
B) Progetti di metagenomica
Gli studenti svolgeranno attivamente l’analisi, la presentazione e la discussione di articoli originali relativi a progetti di metagenomica rilevanti per le biorisorse.
Parte 4. EVOLUZIONE DEI GENOMI
- I primi genomi ed evoluzione dei genomi complessi
- Mutazioni e riparazione del DNA
- Duplicazione genica, famiglie geniche e conversione genica
- Alterazioni cromosomiche e poliploidia
- Il trasferimento orizzontale nei procarioti
Autore | Titolo | Casa editrice | Anno | ISBN | Note |
---|---|---|---|---|---|
Brown | Genomes 4 (Edizione 4) | Taylor & Francis | 2017 | 978-0-8153-4508-4 |
Modalità d'esame
L'esame finale comprende la presentazione di un articolo scientifico e una prova scritta (10 domande aperte) che coprono il programma del corso. La durata della prova scritta sarà di due ore.
Il voto finale risulterà dalla somma dei voti assegnati alla presentazione dell'articolo (massimo 3 punti) e dal voto della prova scritta (massimo 3 punti per ogni domanda). La votazione sarà espressa in trentesimi.
In caso di necessità, sarà possibile svolgere l'esame da remoto. In tal caso la presentazione dell'articolo avverà in teleconferenza e l'esame sarà condotto in forma orale via zoom.
La modalità di esame a distanza è comunque garantita per tutti gli studenti che lo chiederanno nell’anno accademico 2020/21. A tal fine, si invitano gli studenti a contattare direttamente il docente via email (marzia.rossato@univr.it).